Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS28Q9UK41 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC21.32■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC21.32■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC21.32■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC21.32■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC21.31■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC21.3■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC21.3■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC21.3■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC21.3■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC21.29■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC21.28■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC21.28■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC21.28■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.5 ms