Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SCN9AQ15858 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SCN9AQ15858 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SCN9AQ15858 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SCN9AQ15858 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SCN9AQ15858 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SCN9AQ15858 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SCN9AQ15858 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 MNX1-AS1-201ENST00000480284 1041 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 MTFP1-202ENST00000355143 891 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN9AQ15858 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SCN9AQ15858 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
SCN9AQ15858 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SCN9AQ15858 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SCN9AQ15858 SERF2-207ENST00000409614 582 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SCN9AQ15858 CBLN1-202ENST00000536749 718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SCN9AQ15858 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
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