Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC27.77■■■□□ 2.04
HOXC9P31274 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
HOXC9P31274 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.77■■■□□ 2.04
HOXC9P31274 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
HOXC9P31274 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
HOXC9P31274 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
HOXC9P31274 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
HOXC9P31274 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.04
HOXC9P31274 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.04
HOXC9P31274 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC27.76■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC27.76■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC27.76■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC27.75■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 CAVIN3-203ENST00000530979 957 ntTSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC27.75■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC27.75■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC27.74■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC27.74■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC27.74■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC27.74■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 AL359736.2-201ENST00000621992 437 ntBASIC27.74■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 PEX7-202ENST00000367756 680 ntTSL 3 BASIC27.73■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 AL807752.2-201ENST00000435463 301 ntTSL 3 BASIC27.73■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC27.73■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC27.73■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC27.73■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC27.73■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC27.72■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC27.72■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC27.72■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.72■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 CD151-213ENST00000528011 1369 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.3 ms