Protein–RNA interactions for Protein: O43196

MSH5, MutS protein homolog 5, humanhuman

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH5O43196 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
MSH5O43196 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
MSH5O43196 BCAM-201ENST00000270233 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
MSH5O43196 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
MSH5O43196 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
MSH5O43196 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
MSH5O43196 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
MSH5O43196 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
MSH5O43196 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
MSH5O43196 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
MSH5O43196 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
MSH5O43196 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
MSH5O43196 C20orf85-201ENST00000371168 803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
MSH5O43196 AC060766.1-201ENST00000590824 627 ntBASIC27.89■■■□□ 2.06
MSH5O43196 SYT5-202ENST00000537500 2612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
MSH5O43196 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
MSH5O43196 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
MSH5O43196 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC27.89■■■□□ 2.05
MSH5O43196 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
MSH5O43196 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
MSH5O43196 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.05
MSH5O43196 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
MSH5O43196 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
MSH5O43196 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
MSH5O43196 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
MSH5O43196 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
MSH5O43196 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC27.88■■■□□ 2.05
MSH5O43196 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
MSH5O43196 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
MSH5O43196 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
MSH5O43196 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
MSH5O43196 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
MSH5O43196 POLR3K-201ENST00000293860 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
MSH5O43196 AC007952.6-201ENST00000573168 2673 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
MSH5O43196 AC003957.1-201ENST00000625108 2673 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
MSH5O43196 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
MSH5O43196 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
MSH5O43196 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
MSH5O43196 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
MSH5O43196 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
MSH5O43196 SPATA5L1-201ENST00000305560 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
MSH5O43196 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
MSH5O43196 AC009041.2-204ENST00000568394 3343 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
MSH5O43196 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
MSH5O43196 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
MSH5O43196 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
MSH5O43196 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC27.86■■■□□ 2.05
MSH5O43196 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
MSH5O43196 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
MSH5O43196 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC27.86■■■□□ 2.05
MSH5O43196 MAP9-202ENST00000379248 1165 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
MSH5O43196 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
MSH5O43196 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
MSH5O43196 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
MSH5O43196 RPL12P24-201ENST00000474907 486 ntBASIC27.86■■■□□ 2.05
MSH5O43196 AL137246.1-201ENST00000607072 977 ntBASIC27.86■■■□□ 2.05
MSH5O43196 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
MSH5O43196 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
MSH5O43196 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC27.86■■■□□ 2.05
MSH5O43196 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
MSH5O43196 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
MSH5O43196 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
MSH5O43196 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
MSH5O43196 GFER-201ENST00000248114 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
MSH5O43196 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
MSH5O43196 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
MSH5O43196 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
MSH5O43196 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
MSH5O43196 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
MSH5O43196 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
MSH5O43196 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC27.85■■■□□ 2.05
MSH5O43196 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
MSH5O43196 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.85■■■□□ 2.05
MSH5O43196 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
MSH5O43196 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
MSH5O43196 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
MSH5O43196 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
MSH5O43196 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC27.84■■■□□ 2.05
MSH5O43196 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
MSH5O43196 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
MSH5O43196 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
MSH5O43196 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
MSH5O43196 HMGB3P14-201ENST00000494195 599 ntBASIC27.84■■■□□ 2.05
MSH5O43196 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
MSH5O43196 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
MSH5O43196 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
MSH5O43196 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
MSH5O43196 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
MSH5O43196 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
MSH5O43196 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
MSH5O43196 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
MSH5O43196 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
MSH5O43196 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
MSH5O43196 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
MSH5O43196 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC27.83■■■□□ 2.05
MSH5O43196 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
MSH5O43196 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
MSH5O43196 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC27.83■■■□□ 2.05
MSH5O43196 CCDC7-208ENST00000537047 657 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
MSH5O43196 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.8 ms