Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 NR2F2-201ENST00000394166 5275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 COLEC12-201ENST00000400256 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 NRXN2-201ENST00000265459 6621 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 RASEF-202ENST00000376447 5576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 MAPT-210ENST00000535772 5718 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC42Q96M95 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 TPBGL-201ENST00000562197 2793 ntAPPRIS P1 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 BCR-202ENST00000359540 4708 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.9 ms