Protein–RNA interactions for Protein: Q96EP1

CHFR, E3 ubiquitin-protein ligase CHFR, humanhuman

Predictions only

Length 664 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHFRQ96EP1 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 F8A2-201ENST00000369505 1116 ntAPPRIS P1 BASIC21.31■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC21.31■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 AC142381.4-202ENST00000563973 229 ntBASIC21.3■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 PUSL1-201ENST00000379031 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC21.29■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC21.29■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC21.28■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CHFRQ96EP1 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
CHFRQ96EP1 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC21.27■□□□□ 0.99
CHFRQ96EP1 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
CHFRQ96EP1 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CHFRQ96EP1 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CHFRQ96EP1 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CHFRQ96EP1 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CHFRQ96EP1 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CHFRQ96EP1 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CHFRQ96EP1 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CHFRQ96EP1 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
CHFRQ96EP1 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
CHFRQ96EP1 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CHFRQ96EP1 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CHFRQ96EP1 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CHFRQ96EP1 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CHFRQ96EP1 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CHFRQ96EP1 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CHFRQ96EP1 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CHFRQ96EP1 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CHFRQ96EP1 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CHFRQ96EP1 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CHFRQ96EP1 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.5 ms