Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.39■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.39■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC18.39■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC18.39■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 QKI-203ENST00000361752 9463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
SKA3Q8IX90 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.6 ms