Protein–RNA interactions for Protein: Q06945

SOX4, Transcription factor SOX-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 474 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX4Q06945 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.5 ms