Protein–RNA interactions for Protein: P09341

CXCL1, Growth-regulated alpha protein, humanhuman

Predictions only

Length 107 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CXCL1P09341 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CXCL1P09341 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CXCL1P09341 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CXCL1P09341 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
CXCL1P09341 LGI3-201ENST00000306317 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CXCL1P09341 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CXCL1P09341 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CXCL1P09341 GJB6-204ENST00000400066 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CXCL1P09341 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CXCL1P09341 ANKRD17-211ENST00000639793 3486 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CXCL1P09341 MIB2-203ENST00000378712 2890 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CXCL1P09341 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CXCL1P09341 MZF1-206ENST00000599369 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CXCL1P09341 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CXCL1P09341 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.18
CXCL1P09341 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC16.14■□□□□ 0.18
CXCL1P09341 ST3GAL3-201ENST00000262915 2470 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.18
CXCL1P09341 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.18
CXCL1P09341 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 ZNF74-202ENST00000400451 3159 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 PRSS12-201ENST00000296498 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 RBM45-201ENST00000286070 1785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 ADORA2A-201ENST00000337539 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 FAM160A2-201ENST00000265978 3481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 NPLOC4-201ENST00000331134 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 SYN2-206ENST00000621198 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 ADORA2A-213ENST00000610595 2736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 FIP1L1-203ENST00000358575 2180 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 NUDT10-202ENST00000376006 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 SAMD11-211ENST00000616125 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 ARNT-212ENST00000515192 2892 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 IFFO1-212ENST00000619571 2724 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 PPTC7-201ENST00000354300 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 EIF3J-201ENST00000261868 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 ARHGEF18-202ENST00000359920 5733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 ZNF668-202ENST00000394983 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 LPAR2-202ENST00000542587 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 TMEM214-201ENST00000238788 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 LINC00315-201ENST00000441947 2323 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 AC007613.1-201ENST00000572811 2597 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 FBLN1-204ENST00000402984 2355 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 SLC1A6-210ENST00000600144 1735 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 ORAI2-204ENST00000473939 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 NHLH2-201ENST00000320238 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 TGFBR1-201ENST00000374990 5720 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 TBX21-201ENST00000177694 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 MAPKAPK3-208ENST00000621469 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 SNAP47-202ENST00000366759 2362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 MARK2-209ENST00000509502 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 CCKBR-203ENST00000525462 2138 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 TLK2-203ENST00000346027 3449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 CACNA1I-204ENST00000407673 5952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 BID-205ENST00000399774 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 CHPF-201ENST00000243776 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 MAPK9-201ENST00000343111 4369 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 TSR1-201ENST00000301364 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 NR2F2-201ENST00000394166 5275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CXCL1P09341 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.5 ms