Protein–RNA interactions for Protein: Q969F9

HPS3, Hermansky-Pudlak syndrome 3 protein, humanhuman

Predictions only

Length 1,004 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HPS3Q969F9 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC23.17■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC23.17■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC23.16■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC23.16■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
HPS3Q969F9 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
HPS3Q969F9 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
HPS3Q969F9 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
HPS3Q969F9 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
HPS3Q969F9 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
HPS3Q969F9 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
HPS3Q969F9 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
HPS3Q969F9 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
HPS3Q969F9 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC23.14■■□□□ 1.29
HPS3Q969F9 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
HPS3Q969F9 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
HPS3Q969F9 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
HPS3Q969F9 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
HPS3Q969F9 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
HPS3Q969F9 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
HPS3Q969F9 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
HPS3Q969F9 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
HPS3Q969F9 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
HPS3Q969F9 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
HPS3Q969F9 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
HPS3Q969F9 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
HPS3Q969F9 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
HPS3Q969F9 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
HPS3Q969F9 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
HPS3Q969F9 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
HPS3Q969F9 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
HPS3Q969F9 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC23.12■■□□□ 1.29
HPS3Q969F9 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
HPS3Q969F9 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
HPS3Q969F9 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC23.12■■□□□ 1.29
HPS3Q969F9 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC23.12■■□□□ 1.29
HPS3Q969F9 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
HPS3Q969F9 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
HPS3Q969F9 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
HPS3Q969F9 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
HPS3Q969F9 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
HPS3Q969F9 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
HPS3Q969F9 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
HPS3Q969F9 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
HPS3Q969F9 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
HPS3Q969F9 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.8 ms