Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 NDRG2-201ENST00000298684 1784 ntTSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.221e-10■■■■■ 33.8
SF3A3Q12874 NDRG2-225ENST00000554094 595 ntTSL 511.77□□□□□ -0.531e-10■■■■■ 33.8
SF3A3Q12874 NDRG2-246ENST00000555695 823 ntTSL 510.46□□□□□ -0.731e-10■■■■■ 33.8
SF3A3Q12874 NDRG2-219ENST00000553741 842 ntTSL 29.88□□□□□ -0.831e-10■■■■■ 33.8
SF3A3Q12874 NDRG2-264ENST00000557169 851 ntTSL 28.36□□□□□ -1.071e-10■■■■■ 33.8
SF3A3Q12874 NDRG2-236ENST00000554531 669 ntTSL 46.97□□□□□ -1.291e-10■■■■■ 33.8
SF3A3Q12874 TAOK2-201ENST00000279394 4246 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.192e-6■■■■■ 33.8
SF3A3Q12874 ACTN1-206ENST00000544964 891 ntTSL 511.62□□□□□ -0.557e-7■■■■■ 33.8
SF3A3Q12874 AP2A2-201ENST00000332231 4656 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.491e-7■■■■■ 33.8
SF3A3Q12874 AP2A2-222ENST00000534328 1491 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.161e-7■■■■■ 33.8
SF3A3Q12874 AP2A2-213ENST00000528815 3072 ntTSL 215.24■□□□□ 0.031e-7■■■■■ 33.8
SF3A3Q12874 AP2A2-202ENST00000448903 4575 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.4□□□□□ -0.11e-7■■■■■ 33.8
SF3A3Q12874 TMEM120B-201ENST00000342607 2766 ntTSL 224.59■■□□□ 1.534e-7■■■■■ 33.8
SF3A3Q12874 NARFL-210ENST00000565341 1488 ntTSL 1 (best)19.54■□□□□ 0.724e-7■■■■■ 33.8
SF3A3Q12874 NARFL-204ENST00000562752 960 ntTSL 218.4■□□□□ 0.544e-7■■■■■ 33.8
SF3A3Q12874 CEP131-205ENST00000570817 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)15.98■□□□□ 0.154e-7■■■■■ 33.8
SF3A3Q12874 TMEM120B-206ENST00000540377 962 ntTSL 3 BASIC14.27□□□□□ -0.134e-7■■■■■ 33.8
SF3A3Q12874 TMEM120B-204ENST00000449592 7461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.214e-7■■■■■ 33.8
SF3A3Q12874 NARFL-216ENST00000567403 568 ntTSL 413.52□□□□□ -0.254e-7■■■■■ 33.8
SF3A3Q12874 TMEM120B-207ENST00000541467 2959 ntTSL 512.64□□□□□ -0.394e-7■■■■■ 33.8
SF3A3Q12874 KLHDC4-214ENST00000565328 582 ntTSL 412.14□□□□□ -0.474e-7■■■■■ 33.8
SF3A3Q12874 KLHDC4-212ENST00000564396 563 ntTSL 512.01□□□□□ -0.494e-7■■■■■ 33.8
SF3A3Q12874 KLHDC4-226ENST00000569747 560 ntTSL 411.57□□□□□ -0.564e-7■■■■■ 33.8
SF3A3Q12874 KLHDC4-224ENST00000568502 546 ntTSL 411.15□□□□□ -0.624e-7■■■■■ 33.8
SF3A3Q12874 KLHDC4-206ENST00000561825 562 ntTSL 510.74□□□□□ -0.694e-7■■■■■ 33.8
SF3A3Q12874 KLHDC4-213ENST00000564484 562 ntTSL 59.6□□□□□ -0.874e-7■■■■■ 33.8
SF3A3Q12874 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.487e-15■■■■■ 33.8
SF3A3Q12874 TMEM256-PLSCR3-202ENST00000570600 1526 ntAPPRIS ALT2 TSL 218.03■□□□□ 0.487e-15■■■■■ 33.8
SF3A3Q12874 TMEM256-PLSCR3-201ENST00000570569 562 ntAPPRIS P5 TSL 314.95□□□□□ -0.027e-15■■■■■ 33.8
SF3A3Q12874 TMEM256-202ENST00000575427 403 ntTSL 211.32□□□□□ -0.67e-15■■■■■ 33.8
SF3A3Q12874 TMEM256-201ENST00000302422 486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.02□□□□□ -0.657e-15■■■■■ 33.8
SF3A3Q12874 TMEM256-203ENST00000576017 511 ntTSL 38.12□□□□□ -1.117e-15■■■■■ 33.8
SF3A3Q12874 PFKL-203ENST00000460020 890 ntTSL 520.34■□□□□ 0.858e-7■■■■■ 33.7
SF3A3Q12874 CDS2-202ENST00000450570 945 ntTSL 321.18■□□□□ 0.983e-6■■■■■ 33.7
SF3A3Q12874 CDS2-204ENST00000467923 783 ntTSL 320.03■□□□□ 0.83e-6■■■■■ 33.7
SF3A3Q12874 CDS2-203ENST00000460006 9298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.223e-6■■■■■ 33.7
SF3A3Q12874 CDS2-205ENST00000468817 2706 ntTSL 214.4□□□□□ -0.13e-6■■■■■ 33.7
SF3A3Q12874 POLE-211ENST00000538196 551 ntTSL 411.19□□□□□ -0.622e-6■■■■■ 33.7
SF3A3Q12874 ZNF362-203ENST00000483388 712 ntTSL 220.34■□□□□ 0.853e-9■■■■■ 33.7
SF3A3Q12874 SLC25A33-201ENST00000302692 3854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.343e-7■■■■■ 33.6
SF3A3Q12874 FARP1-216ENST00000596256 744 ntTSL 312.65□□□□□ -0.381e-6■■■■■ 33.6
SF3A3Q12874 EIF4A2-206ENST00000441007 480 ntTSL 311.57□□□□□ -0.569e-31■■■■■ 33.6
SF3A3Q12874 KATNB1-206ENST00000566611 3854 ntTSL 216.83■□□□□ 0.293e-6■■■■■ 33.6
SF3A3Q12874 KATNB1-201ENST00000379661 2664 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.153e-6■■■■■ 33.6
SF3A3Q12874 MAN2C1-204ENST00000561693 1152 ntTSL 516.32■□□□□ 0.21e-15■■■■■ 33.6
SF3A3Q12874 MAN2C1-233ENST00000566569 848 ntTSL 513.84□□□□□ -0.191e-15■■■■■ 33.6
SF3A3Q12874 MAN2C1-221ENST00000564929 851 ntTSL 512.25□□□□□ -0.451e-15■■■■■ 33.6
SF3A3Q12874 TDP2-202ENST00000378198 2071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.684e-14■■■■■ 33.6
SF3A3Q12874 TDP2-205ENST00000480495 714 ntTSL 1 (best)13.13□□□□□ -0.314e-14■■■■■ 33.6
SF3A3Q12874 TDP2-204ENST00000478507 573 ntTSL 510.47□□□□□ -0.734e-14■■■■■ 33.6
SF3A3Q12874 PLXNB2-207ENST00000449103 6383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.121e-7■■■■■ 33.6
SF3A3Q12874 PLXNB2-201ENST00000359337 6335 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.051e-7■■■■■ 33.6
SF3A3Q12874 ITPR3-201ENST00000374316 9870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.382e-6■■■■■ 33.6
SF3A3Q12874 ITPR3-202ENST00000605930 9029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.182e-6■■■■■ 33.6
SF3A3Q12874 PLXNA3-205ENST00000482598 280 ntTSL 316.21■□□□□ 0.192e-6■■■■■ 33.5
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SF3A3Q12874 PLXNB1-219ENST00000497627 317 ntTSL 38.51□□□□□ -1.052e-6■■■■■ 33.5
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SF3A3Q12874 MROH1-205ENST00000527552 5832 ntTSL 1 (best)13.89□□□□□ -0.193e-6■■■■■ 33.4
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SF3A3Q12874 TUBGCP6-201ENST00000248846 5612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.081e-6■■■■■ 33.4
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SF3A3Q12874 PSAP-205ENST00000610929 1969 ntTSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.742e-6■■■■■ 33.4
SF3A3Q12874 AP2A1-205ENST00000597774 2196 ntTSL 518.81■□□□□ 0.65e-6■■■■■ 33.4
SF3A3Q12874 MKNK2-207ENST00000588014 2413 ntTSL 216.95■□□□□ 0.35e-7■■■■■ 33.4
SF3A3Q12874 DNM2-215ENST00000590806 5651 ntTSL 216.37■□□□□ 0.212e-17■■■■■ 33.4
SF3A3Q12874 FBRS-208ENST00000543786 2890 ntTSL 215.95■□□□□ 0.147e-8■■■■■ 33.4
SF3A3Q12874 PSAP-202ENST00000394936 2872 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.032e-6■■■■■ 33.4
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SF3A3Q12874 PSAP-201ENST00000394934 2830 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.31□□□□□ -0.282e-6■■■■■ 33.4
SF3A3Q12874 AP2A1-201ENST00000354293 3388 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.35e-6■■■■■ 33.4
SF3A3Q12874 DNM2-214ENST00000590787 4299 ntTSL 213.11□□□□□ -0.312e-17■■■■■ 33.4
SF3A3Q12874 AP2A1-202ENST00000359032 3286 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC12.83□□□□□ -0.365e-6■■■■■ 33.4
SF3A3Q12874 MKNK2-208ENST00000589441 803 ntTSL 510.99□□□□□ -0.655e-7■■■■■ 33.4
SF3A3Q12874 DCAF5-205ENST00000554215 4803 ntTSL 1 (best) BASIC9.21□□□□□ -0.933e-6■■■■■ 33.4
SF3A3Q12874 DCAF5-208ENST00000556847 2791 ntTSL 5 BASIC8.67□□□□□ -1.023e-6■■■■■ 33.4
SF3A3Q12874 MKNK2-211ENST00000591142 875 ntTSL 2 BASIC7.16□□□□□ -1.265e-7■■■■■ 33.4
SF3A3Q12874 DDX51-201ENST00000329073 2341 ntTSL 521.23■□□□□ 0.994e-7■■■■■ 33.4
SF3A3Q12874 DDX51-202ENST00000397333 4718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.724e-7■■■■■ 33.4
SF3A3Q12874 ZMIZ2-204ENST00000416856 616 ntTSL 517.16■□□□□ 0.343e-6■■■■■ 33.3
SF3A3Q12874 ENPP3-206ENST00000470930 550 ntTSL 55.29□□□□□ -1.563e-7■■■■■ 33.3
SF3A3Q12874 ENPP3-204ENST00000423831 598 ntTSL 34.77□□□□□ -1.653e-7■■■■■ 33.3
SF3A3Q12874 MCF2L-205ENST00000397017 3903 ntTSL 516.42■□□□□ 0.226e-7■■■■■ 33.3
SF3A3Q12874 CHD6-205ENST00000440697 1635 ntTSL 57.67□□□□□ -1.183e-6■■■■■ 33.3
SF3A3Q12874 CHD6-201ENST00000309279 1635 ntTSL 1 (best) BASIC7.67□□□□□ -1.183e-6■■■■■ 33.3
SF3A3Q12874 PKD1-201ENST00000262304 14138 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.511e-6■■■■■ 33.3
SF3A3Q12874 PKD1-203ENST00000423118 14135 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.521e-6■■■■■ 33.3
SF3A3Q12874 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.951e-7■■■■■ 33.3
SF3A3Q12874 CDK18-217ENST00000506784 2143 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.791e-7■■■■■ 33.3
SF3A3Q12874 CDK18-201ENST00000360066 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.381e-7■■■■■ 33.3
SF3A3Q12874 CDK18-213ENST00000504648 2435 ntTSL 216.43■□□□□ 0.221e-7■■■■■ 33.3
SF3A3Q12874 CDK18-222ENST00000515494 3756 ntTSL 1 (best)10.98□□□□□ -0.651e-7■■■■■ 33.3
SF3A3Q12874 MIR6778-201ENST00000617912 73 ntBASIC4.45□□□□□ -1.73e-6■■■■■ 33.3
SF3A3Q12874 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.562e-6■■■■■ 33.3
SF3A3Q12874 TUBG1-204ENST00000589688 1505 ntTSL 512.9□□□□□ -0.342e-6■■■■■ 33.3
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