Protein–RNA interactions for Protein: Q02388

COL7A1, Collagen alpha-1(VII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,944 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1Q02388 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
COL7A1Q02388 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
COL7A1Q02388 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
COL7A1Q02388 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC15.15■□□□□ 0.02
COL7A1Q02388 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
COL7A1Q02388 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
COL7A1Q02388 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 OXT-201ENST00000217386 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 MTFP1-202ENST00000355143 891 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 AL049597.2-201ENST00000565575 961 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 SLC39A11-207ENST00000579732 1004 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 SMAGP-204ENST00000603838 816 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC15.13■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 MAGI2-AS3-203ENST00000424477 520 ntTSL 4 BASIC15.13■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 AC098829.1-201ENST00000502344 630 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 AC145285.6-201ENST00000604632 637 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 ICAM2-207ENST00000579687 1154 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 C17orf62-238ENST00000585064 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 AC090877.2-202ENST00000560363 574 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29 ms