Protein–RNA interactions for Protein: Q9BSE4

HERPUD2, Homocysteine-responsive endoplasmic reticulum-resident ubiquitin-like domain member 2 protein, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HERPUD2Q9BSE4 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 LINC01521-201ENST00000504184 1943 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC21.75■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC21.74■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC21.73■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
HERPUD2Q9BSE4 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
HERPUD2Q9BSE4 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.5 ms