Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 CACNA1A-247ENST00000637769 8648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 ADARB1-201ENST00000348831 6882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 DENND1A-203ENST00000373624 5010 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 CADPS2-202ENST00000334010 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 CDK13-201ENST00000181839 7298 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 SAMD5-201ENST00000367474 6089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 ZC3H12D-201ENST00000409806 5791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 KAZN-203ENST00000376030 6030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.5 ms