Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
HIF3AQ9Y2N7 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC24.02■■□□□ 1.44
HIF3AQ9Y2N7 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
HIF3AQ9Y2N7 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
HIF3AQ9Y2N7 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
HIF3AQ9Y2N7 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
HIF3AQ9Y2N7 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC24■■□□□ 1.43
HIF3AQ9Y2N7 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
HIF3AQ9Y2N7 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
HIF3AQ9Y2N7 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
HIF3AQ9Y2N7 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
HIF3AQ9Y2N7 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
HIF3AQ9Y2N7 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
HIF3AQ9Y2N7 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
HIF3AQ9Y2N7 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
HIF3AQ9Y2N7 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
HIF3AQ9Y2N7 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
HIF3AQ9Y2N7 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
HIF3AQ9Y2N7 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
HIF3AQ9Y2N7 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
HIF3AQ9Y2N7 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.43
HIF3AQ9Y2N7 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
HIF3AQ9Y2N7 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
HIF3AQ9Y2N7 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
HIF3AQ9Y2N7 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
HIF3AQ9Y2N7 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
HIF3AQ9Y2N7 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
HIF3AQ9Y2N7 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
HIF3AQ9Y2N7 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
HIF3AQ9Y2N7 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
HIF3AQ9Y2N7 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
HIF3AQ9Y2N7 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
HIF3AQ9Y2N7 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
HIF3AQ9Y2N7 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
HIF3AQ9Y2N7 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
HIF3AQ9Y2N7 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
HIF3AQ9Y2N7 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
HIF3AQ9Y2N7 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
HIF3AQ9Y2N7 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
HIF3AQ9Y2N7 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
HIF3AQ9Y2N7 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
HIF3AQ9Y2N7 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
HIF3AQ9Y2N7 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
HIF3AQ9Y2N7 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
HIF3AQ9Y2N7 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
HIF3AQ9Y2N7 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
HIF3AQ9Y2N7 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
HIF3AQ9Y2N7 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
HIF3AQ9Y2N7 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
HIF3AQ9Y2N7 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
HIF3AQ9Y2N7 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
HIF3AQ9Y2N7 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
HIF3AQ9Y2N7 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
HIF3AQ9Y2N7 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
HIF3AQ9Y2N7 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
HIF3AQ9Y2N7 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
HIF3AQ9Y2N7 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC23.85■■□□□ 1.41
HIF3AQ9Y2N7 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
HIF3AQ9Y2N7 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
HIF3AQ9Y2N7 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
HIF3AQ9Y2N7 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
HIF3AQ9Y2N7 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
HIF3AQ9Y2N7 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
HIF3AQ9Y2N7 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
HIF3AQ9Y2N7 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
HIF3AQ9Y2N7 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
HIF3AQ9Y2N7 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
HIF3AQ9Y2N7 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC23.82■■□□□ 1.4
HIF3AQ9Y2N7 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
HIF3AQ9Y2N7 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
HIF3AQ9Y2N7 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
HIF3AQ9Y2N7 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
HIF3AQ9Y2N7 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
HIF3AQ9Y2N7 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
HIF3AQ9Y2N7 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
HIF3AQ9Y2N7 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
HIF3AQ9Y2N7 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
HIF3AQ9Y2N7 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
HIF3AQ9Y2N7 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC23.76■■□□□ 1.39
HIF3AQ9Y2N7 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
HIF3AQ9Y2N7 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
HIF3AQ9Y2N7 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
HIF3AQ9Y2N7 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
HIF3AQ9Y2N7 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
HIF3AQ9Y2N7 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
HIF3AQ9Y2N7 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
HIF3AQ9Y2N7 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
HIF3AQ9Y2N7 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
HIF3AQ9Y2N7 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
HIF3AQ9Y2N7 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
HIF3AQ9Y2N7 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC23.71■■□□□ 1.39
HIF3AQ9Y2N7 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
HIF3AQ9Y2N7 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
HIF3AQ9Y2N7 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
HIF3AQ9Y2N7 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
HIF3AQ9Y2N7 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
HIF3AQ9Y2N7 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
HIF3AQ9Y2N7 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
HIF3AQ9Y2N7 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
HIF3AQ9Y2N7 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.3 ms