Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
CCDC39Q9UFE4 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC30.52■■■□□ 2.48
CCDC39Q9UFE4 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.52■■■□□ 2.48
CCDC39Q9UFE4 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.47
CCDC39Q9UFE4 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
CCDC39Q9UFE4 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
CCDC39Q9UFE4 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
CCDC39Q9UFE4 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.48■■■□□ 2.47
CCDC39Q9UFE4 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC30.48■■■□□ 2.47
CCDC39Q9UFE4 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.47■■■□□ 2.47
CCDC39Q9UFE4 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.47■■■□□ 2.47
CCDC39Q9UFE4 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.47
CCDC39Q9UFE4 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC30.45■■■□□ 2.47
CCDC39Q9UFE4 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC30.45■■■□□ 2.47
CCDC39Q9UFE4 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
CCDC39Q9UFE4 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC30.43■■■□□ 2.46
CCDC39Q9UFE4 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
CCDC39Q9UFE4 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
CCDC39Q9UFE4 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
CCDC39Q9UFE4 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.41■■■□□ 2.46
CCDC39Q9UFE4 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
CCDC39Q9UFE4 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
CCDC39Q9UFE4 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC30.4■■■□□ 2.46
CCDC39Q9UFE4 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC30.4■■■□□ 2.46
CCDC39Q9UFE4 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC30.39■■■□□ 2.45
CCDC39Q9UFE4 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
CCDC39Q9UFE4 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
CCDC39Q9UFE4 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
CCDC39Q9UFE4 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC30.37■■■□□ 2.45
CCDC39Q9UFE4 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
CCDC39Q9UFE4 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC30.37■■■□□ 2.45
CCDC39Q9UFE4 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
CCDC39Q9UFE4 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
CCDC39Q9UFE4 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.34■■■□□ 2.45
CCDC39Q9UFE4 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
CCDC39Q9UFE4 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
CCDC39Q9UFE4 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC30.33■■■□□ 2.45
CCDC39Q9UFE4 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC30.33■■■□□ 2.45
CCDC39Q9UFE4 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
CCDC39Q9UFE4 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.32■■■□□ 2.44
CCDC39Q9UFE4 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
CCDC39Q9UFE4 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC30.32■■■□□ 2.44
CCDC39Q9UFE4 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
CCDC39Q9UFE4 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.31■■■□□ 2.44
CCDC39Q9UFE4 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
CCDC39Q9UFE4 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
CCDC39Q9UFE4 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
CCDC39Q9UFE4 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
CCDC39Q9UFE4 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
CCDC39Q9UFE4 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
CCDC39Q9UFE4 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
CCDC39Q9UFE4 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.28■■■□□ 2.44
CCDC39Q9UFE4 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
CCDC39Q9UFE4 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC30.26■■■□□ 2.44
CCDC39Q9UFE4 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC30.26■■■□□ 2.44
CCDC39Q9UFE4 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.44
CCDC39Q9UFE4 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.43
CCDC39Q9UFE4 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC30.26■■■□□ 2.43
CCDC39Q9UFE4 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC30.25■■■□□ 2.43
CCDC39Q9UFE4 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
CCDC39Q9UFE4 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
CCDC39Q9UFE4 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
CCDC39Q9UFE4 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC30.23■■■□□ 2.43
CCDC39Q9UFE4 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
CCDC39Q9UFE4 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
CCDC39Q9UFE4 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC30.22■■■□□ 2.43
CCDC39Q9UFE4 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
CCDC39Q9UFE4 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
CCDC39Q9UFE4 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.43
CCDC39Q9UFE4 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.2■■■□□ 2.42
CCDC39Q9UFE4 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
CCDC39Q9UFE4 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC30.19■■■□□ 2.42
CCDC39Q9UFE4 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC30.19■■■□□ 2.42
CCDC39Q9UFE4 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
CCDC39Q9UFE4 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
CCDC39Q9UFE4 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
CCDC39Q9UFE4 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
CCDC39Q9UFE4 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
CCDC39Q9UFE4 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.16■■■□□ 2.42
CCDC39Q9UFE4 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
CCDC39Q9UFE4 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC30.16■■■□□ 2.42
CCDC39Q9UFE4 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
CCDC39Q9UFE4 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
CCDC39Q9UFE4 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
CCDC39Q9UFE4 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
CCDC39Q9UFE4 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
CCDC39Q9UFE4 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
CCDC39Q9UFE4 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC30.11■■■□□ 2.41
CCDC39Q9UFE4 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
CCDC39Q9UFE4 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC30.1■■■□□ 2.41
CCDC39Q9UFE4 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
CCDC39Q9UFE4 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC30.1■■■□□ 2.41
CCDC39Q9UFE4 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
CCDC39Q9UFE4 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC30.09■■■□□ 2.41
CCDC39Q9UFE4 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
CCDC39Q9UFE4 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC30.09■■■□□ 2.41
CCDC39Q9UFE4 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC30.09■■■□□ 2.41
CCDC39Q9UFE4 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
CCDC39Q9UFE4 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC30.08■■■□□ 2.41
CCDC39Q9UFE4 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.9 ms