Protein–RNA interactions for Protein: Q9NPD3

EXOSC4, Exosome complex component RRP41, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC4Q9NPD3 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
EXOSC4Q9NPD3 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
EXOSC4Q9NPD3 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.91■■□□□ 1.42
EXOSC4Q9NPD3 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
EXOSC4Q9NPD3 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.42
EXOSC4Q9NPD3 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
EXOSC4Q9NPD3 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
EXOSC4Q9NPD3 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
EXOSC4Q9NPD3 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
EXOSC4Q9NPD3 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
EXOSC4Q9NPD3 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
EXOSC4Q9NPD3 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
EXOSC4Q9NPD3 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
EXOSC4Q9NPD3 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
EXOSC4Q9NPD3 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC23.86■■□□□ 1.41
EXOSC4Q9NPD3 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
EXOSC4Q9NPD3 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
EXOSC4Q9NPD3 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
EXOSC4Q9NPD3 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
EXOSC4Q9NPD3 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
EXOSC4Q9NPD3 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
EXOSC4Q9NPD3 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
EXOSC4Q9NPD3 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
EXOSC4Q9NPD3 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
EXOSC4Q9NPD3 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
EXOSC4Q9NPD3 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
EXOSC4Q9NPD3 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
EXOSC4Q9NPD3 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
EXOSC4Q9NPD3 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC23.83■■□□□ 1.41
EXOSC4Q9NPD3 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
EXOSC4Q9NPD3 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC23.82■■□□□ 1.4
EXOSC4Q9NPD3 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
EXOSC4Q9NPD3 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
EXOSC4Q9NPD3 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
EXOSC4Q9NPD3 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
EXOSC4Q9NPD3 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
EXOSC4Q9NPD3 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
EXOSC4Q9NPD3 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
EXOSC4Q9NPD3 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
EXOSC4Q9NPD3 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
EXOSC4Q9NPD3 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
EXOSC4Q9NPD3 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
EXOSC4Q9NPD3 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
EXOSC4Q9NPD3 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
EXOSC4Q9NPD3 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
EXOSC4Q9NPD3 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
EXOSC4Q9NPD3 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
EXOSC4Q9NPD3 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
EXOSC4Q9NPD3 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
EXOSC4Q9NPD3 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
EXOSC4Q9NPD3 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
EXOSC4Q9NPD3 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC23.75■■□□□ 1.39
EXOSC4Q9NPD3 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
EXOSC4Q9NPD3 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
EXOSC4Q9NPD3 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
EXOSC4Q9NPD3 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
EXOSC4Q9NPD3 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
EXOSC4Q9NPD3 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
EXOSC4Q9NPD3 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
EXOSC4Q9NPD3 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
EXOSC4Q9NPD3 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
EXOSC4Q9NPD3 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
EXOSC4Q9NPD3 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
EXOSC4Q9NPD3 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
EXOSC4Q9NPD3 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
EXOSC4Q9NPD3 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
EXOSC4Q9NPD3 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
EXOSC4Q9NPD3 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
EXOSC4Q9NPD3 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
EXOSC4Q9NPD3 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
EXOSC4Q9NPD3 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
EXOSC4Q9NPD3 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
EXOSC4Q9NPD3 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
EXOSC4Q9NPD3 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
EXOSC4Q9NPD3 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
EXOSC4Q9NPD3 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
EXOSC4Q9NPD3 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
EXOSC4Q9NPD3 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
EXOSC4Q9NPD3 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
EXOSC4Q9NPD3 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
EXOSC4Q9NPD3 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
EXOSC4Q9NPD3 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
EXOSC4Q9NPD3 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
EXOSC4Q9NPD3 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
EXOSC4Q9NPD3 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
EXOSC4Q9NPD3 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
EXOSC4Q9NPD3 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
EXOSC4Q9NPD3 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
EXOSC4Q9NPD3 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
EXOSC4Q9NPD3 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
EXOSC4Q9NPD3 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
EXOSC4Q9NPD3 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
EXOSC4Q9NPD3 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
EXOSC4Q9NPD3 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
EXOSC4Q9NPD3 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
EXOSC4Q9NPD3 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
EXOSC4Q9NPD3 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
EXOSC4Q9NPD3 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
EXOSC4Q9NPD3 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
EXOSC4Q9NPD3 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC23.59■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.9 ms