Protein–RNA interactions for Protein: Q96JG6

VPS50, Syndetin, humanhuman

Predictions only

Length 964 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS50Q96JG6 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
VPS50Q96JG6 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
VPS50Q96JG6 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS50Q96JG6 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS50Q96JG6 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS50Q96JG6 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS50Q96JG6 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS50Q96JG6 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS50Q96JG6 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS50Q96JG6 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS50Q96JG6 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS50Q96JG6 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS50Q96JG6 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS50Q96JG6 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS50Q96JG6 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS50Q96JG6 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
VPS50Q96JG6 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
VPS50Q96JG6 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
VPS50Q96JG6 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
VPS50Q96JG6 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
VPS50Q96JG6 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
VPS50Q96JG6 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
VPS50Q96JG6 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
VPS50Q96JG6 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
VPS50Q96JG6 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
VPS50Q96JG6 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
VPS50Q96JG6 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC25.67■■□□□ 1.7
VPS50Q96JG6 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
VPS50Q96JG6 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
VPS50Q96JG6 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
VPS50Q96JG6 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
VPS50Q96JG6 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
VPS50Q96JG6 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
VPS50Q96JG6 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
VPS50Q96JG6 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
VPS50Q96JG6 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
VPS50Q96JG6 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS50Q96JG6 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS50Q96JG6 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS50Q96JG6 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS50Q96JG6 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.68
VPS50Q96JG6 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
VPS50Q96JG6 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
VPS50Q96JG6 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS50Q96JG6 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS50Q96JG6 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS50Q96JG6 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS50Q96JG6 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS50Q96JG6 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS50Q96JG6 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS50Q96JG6 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS50Q96JG6 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS50Q96JG6 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS50Q96JG6 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
VPS50Q96JG6 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
VPS50Q96JG6 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC25.49■■□□□ 1.67
VPS50Q96JG6 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
VPS50Q96JG6 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
VPS50Q96JG6 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC25.48■■□□□ 1.67
VPS50Q96JG6 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
VPS50Q96JG6 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
VPS50Q96JG6 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
VPS50Q96JG6 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
VPS50Q96JG6 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
VPS50Q96JG6 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
VPS50Q96JG6 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS50Q96JG6 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS50Q96JG6 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS50Q96JG6 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS50Q96JG6 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS50Q96JG6 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS50Q96JG6 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
VPS50Q96JG6 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
VPS50Q96JG6 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
VPS50Q96JG6 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS50Q96JG6 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS50Q96JG6 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS50Q96JG6 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS50Q96JG6 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS50Q96JG6 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS50Q96JG6 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS50Q96JG6 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS50Q96JG6 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS50Q96JG6 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS50Q96JG6 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS50Q96JG6 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS50Q96JG6 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS50Q96JG6 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
VPS50Q96JG6 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
VPS50Q96JG6 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
VPS50Q96JG6 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC25.39■■□□□ 1.65
VPS50Q96JG6 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
VPS50Q96JG6 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS50Q96JG6 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS50Q96JG6 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS50Q96JG6 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS50Q96JG6 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS50Q96JG6 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS50Q96JG6 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS50Q96JG6 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.7 ms