Protein–RNA interactions for Protein: Q96DZ5

CLIP3, CAP-Gly domain-containing linker protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP3Q96DZ5 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CLIP3Q96DZ5 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CLIP3Q96DZ5 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CLIP3Q96DZ5 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CLIP3Q96DZ5 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CLIP3Q96DZ5 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CLIP3Q96DZ5 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
CLIP3Q96DZ5 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CLIP3Q96DZ5 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CLIP3Q96DZ5 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CLIP3Q96DZ5 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CLIP3Q96DZ5 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CLIP3Q96DZ5 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CLIP3Q96DZ5 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CLIP3Q96DZ5 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CLIP3Q96DZ5 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CLIP3Q96DZ5 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CLIP3Q96DZ5 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CLIP3Q96DZ5 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CLIP3Q96DZ5 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CLIP3Q96DZ5 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CLIP3Q96DZ5 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CLIP3Q96DZ5 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CLIP3Q96DZ5 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CLIP3Q96DZ5 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CLIP3Q96DZ5 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
CLIP3Q96DZ5 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CLIP3Q96DZ5 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
CLIP3Q96DZ5 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
CLIP3Q96DZ5 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
CLIP3Q96DZ5 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
CLIP3Q96DZ5 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
CLIP3Q96DZ5 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
CLIP3Q96DZ5 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CLIP3Q96DZ5 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CLIP3Q96DZ5 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CLIP3Q96DZ5 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CLIP3Q96DZ5 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CLIP3Q96DZ5 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CLIP3Q96DZ5 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CLIP3Q96DZ5 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CLIP3Q96DZ5 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CLIP3Q96DZ5 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CLIP3Q96DZ5 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CLIP3Q96DZ5 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CLIP3Q96DZ5 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CLIP3Q96DZ5 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
CLIP3Q96DZ5 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CLIP3Q96DZ5 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CLIP3Q96DZ5 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CLIP3Q96DZ5 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CLIP3Q96DZ5 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CLIP3Q96DZ5 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CLIP3Q96DZ5 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CLIP3Q96DZ5 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CLIP3Q96DZ5 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
CLIP3Q96DZ5 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
CLIP3Q96DZ5 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CLIP3Q96DZ5 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CLIP3Q96DZ5 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CLIP3Q96DZ5 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CLIP3Q96DZ5 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CLIP3Q96DZ5 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CLIP3Q96DZ5 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CLIP3Q96DZ5 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
CLIP3Q96DZ5 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CLIP3Q96DZ5 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CLIP3Q96DZ5 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CLIP3Q96DZ5 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CLIP3Q96DZ5 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CLIP3Q96DZ5 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CLIP3Q96DZ5 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CLIP3Q96DZ5 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CLIP3Q96DZ5 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CLIP3Q96DZ5 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CLIP3Q96DZ5 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CLIP3Q96DZ5 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CLIP3Q96DZ5 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CLIP3Q96DZ5 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CLIP3Q96DZ5 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CLIP3Q96DZ5 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
CLIP3Q96DZ5 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CLIP3Q96DZ5 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CLIP3Q96DZ5 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CLIP3Q96DZ5 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CLIP3Q96DZ5 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CLIP3Q96DZ5 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CLIP3Q96DZ5 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CLIP3Q96DZ5 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CLIP3Q96DZ5 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CLIP3Q96DZ5 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CLIP3Q96DZ5 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
CLIP3Q96DZ5 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CLIP3Q96DZ5 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CLIP3Q96DZ5 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CLIP3Q96DZ5 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CLIP3Q96DZ5 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CLIP3Q96DZ5 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CLIP3Q96DZ5 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CLIP3Q96DZ5 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.8 ms