Protein–RNA interactions for Protein: Q92890

UFD1, Ubiquitin recognition factor in ER-associated degradation protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 307 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UFD1Q92890 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
UFD1Q92890 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
UFD1Q92890 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
UFD1Q92890 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
UFD1Q92890 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
UFD1Q92890 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
UFD1Q92890 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
UFD1Q92890 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC23.75■■□□□ 1.39
UFD1Q92890 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
UFD1Q92890 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
UFD1Q92890 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
UFD1Q92890 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
UFD1Q92890 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
UFD1Q92890 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
UFD1Q92890 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
UFD1Q92890 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
UFD1Q92890 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
UFD1Q92890 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
UFD1Q92890 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
UFD1Q92890 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC23.71■■□□□ 1.39
UFD1Q92890 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
UFD1Q92890 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
UFD1Q92890 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
UFD1Q92890 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
UFD1Q92890 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
UFD1Q92890 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
UFD1Q92890 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
UFD1Q92890 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
UFD1Q92890 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
UFD1Q92890 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
UFD1Q92890 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
UFD1Q92890 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
UFD1Q92890 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
UFD1Q92890 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
UFD1Q92890 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
UFD1Q92890 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
UFD1Q92890 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
UFD1Q92890 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
UFD1Q92890 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
UFD1Q92890 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
UFD1Q92890 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
UFD1Q92890 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
UFD1Q92890 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
UFD1Q92890 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
UFD1Q92890 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
UFD1Q92890 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
UFD1Q92890 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
UFD1Q92890 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
UFD1Q92890 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
UFD1Q92890 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
UFD1Q92890 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
UFD1Q92890 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
UFD1Q92890 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
UFD1Q92890 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
UFD1Q92890 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
UFD1Q92890 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
UFD1Q92890 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
UFD1Q92890 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
UFD1Q92890 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
UFD1Q92890 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
UFD1Q92890 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
UFD1Q92890 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
UFD1Q92890 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
UFD1Q92890 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
UFD1Q92890 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
UFD1Q92890 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
UFD1Q92890 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
UFD1Q92890 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
UFD1Q92890 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
UFD1Q92890 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
UFD1Q92890 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
UFD1Q92890 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
UFD1Q92890 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
UFD1Q92890 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
UFD1Q92890 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
UFD1Q92890 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
UFD1Q92890 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
UFD1Q92890 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
UFD1Q92890 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
UFD1Q92890 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
UFD1Q92890 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
UFD1Q92890 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
UFD1Q92890 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
UFD1Q92890 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
UFD1Q92890 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
UFD1Q92890 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
UFD1Q92890 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
UFD1Q92890 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
UFD1Q92890 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
UFD1Q92890 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
UFD1Q92890 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
UFD1Q92890 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
UFD1Q92890 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
UFD1Q92890 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
UFD1Q92890 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
UFD1Q92890 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
UFD1Q92890 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
UFD1Q92890 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
UFD1Q92890 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
UFD1Q92890 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.6 ms