Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC32.79■■■□□ 2.84
SCN9AQ15858 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC32.79■■■□□ 2.84
SCN9AQ15858 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.78■■■□□ 2.84
SCN9AQ15858 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.78■■■□□ 2.84
SCN9AQ15858 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC32.78■■■□□ 2.84
SCN9AQ15858 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.77■■■□□ 2.84
SCN9AQ15858 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.76■■■□□ 2.84
SCN9AQ15858 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.76■■■□□ 2.83
SCN9AQ15858 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC32.76■■■□□ 2.83
SCN9AQ15858 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC32.76■■■□□ 2.83
SCN9AQ15858 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC32.74■■■□□ 2.83
SCN9AQ15858 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC32.74■■■□□ 2.83
SCN9AQ15858 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.74■■■□□ 2.83
SCN9AQ15858 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC32.74■■■□□ 2.83
SCN9AQ15858 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC32.74■■■□□ 2.83
SCN9AQ15858 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC32.74■■■□□ 2.83
SCN9AQ15858 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC32.73■■■□□ 2.83
SCN9AQ15858 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.73■■■□□ 2.83
SCN9AQ15858 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC32.72■■■□□ 2.83
SCN9AQ15858 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC32.72■■■□□ 2.83
SCN9AQ15858 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC32.72■■■□□ 2.83
SCN9AQ15858 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
SCN9AQ15858 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
SCN9AQ15858 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
SCN9AQ15858 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC32.72■■■□□ 2.83
SCN9AQ15858 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.7■■■□□ 2.83
SCN9AQ15858 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC32.7■■■□□ 2.83
SCN9AQ15858 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.69■■■□□ 2.82
SCN9AQ15858 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.69■■■□□ 2.82
SCN9AQ15858 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC32.69■■■□□ 2.82
SCN9AQ15858 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.67■■■□□ 2.82
SCN9AQ15858 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC32.67■■■□□ 2.82
SCN9AQ15858 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.67■■■□□ 2.82
SCN9AQ15858 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC32.67■■■□□ 2.82
SCN9AQ15858 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC32.66■■■□□ 2.82
SCN9AQ15858 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.66■■■□□ 2.82
SCN9AQ15858 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.66■■■□□ 2.82
SCN9AQ15858 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.65■■■□□ 2.82
SCN9AQ15858 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.65■■■□□ 2.82
SCN9AQ15858 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC32.65■■■□□ 2.82
SCN9AQ15858 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC32.65■■■□□ 2.82
SCN9AQ15858 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC32.64■■■□□ 2.82
SCN9AQ15858 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC32.63■■■□□ 2.81
SCN9AQ15858 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
SCN9AQ15858 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
SCN9AQ15858 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.59■■■□□ 2.81
SCN9AQ15858 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC32.58■■■□□ 2.81
SCN9AQ15858 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC32.58■■■□□ 2.81
SCN9AQ15858 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC32.58■■■□□ 2.81
SCN9AQ15858 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC32.58■■■□□ 2.81
SCN9AQ15858 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.56■■■□□ 2.8
SCN9AQ15858 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC32.56■■■□□ 2.8
SCN9AQ15858 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC32.56■■■□□ 2.8
SCN9AQ15858 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC32.56■■■□□ 2.8
SCN9AQ15858 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.55■■■□□ 2.8
SCN9AQ15858 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.55■■■□□ 2.8
SCN9AQ15858 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC32.55■■■□□ 2.8
SCN9AQ15858 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC32.54■■■□□ 2.8
SCN9AQ15858 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.54■■■□□ 2.8
SCN9AQ15858 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC32.54■■■□□ 2.8
SCN9AQ15858 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.52■■■□□ 2.8
SCN9AQ15858 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.52■■■□□ 2.8
SCN9AQ15858 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.51■■■□□ 2.8
SCN9AQ15858 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC32.51■■■□□ 2.8
SCN9AQ15858 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC32.51■■■□□ 2.79
SCN9AQ15858 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.79
SCN9AQ15858 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.79
SCN9AQ15858 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC32.5■■■□□ 2.79
SCN9AQ15858 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
SCN9AQ15858 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC32.49■■■□□ 2.79
SCN9AQ15858 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC32.48■■■□□ 2.79
SCN9AQ15858 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.47■■■□□ 2.79
SCN9AQ15858 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.47■■■□□ 2.79
SCN9AQ15858 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC32.47■■■□□ 2.79
SCN9AQ15858 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.79
SCN9AQ15858 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.78
SCN9AQ15858 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.78
SCN9AQ15858 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC32.44■■■□□ 2.78
SCN9AQ15858 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.44■■■□□ 2.78
SCN9AQ15858 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC32.44■■■□□ 2.78
SCN9AQ15858 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.43■■■□□ 2.78
SCN9AQ15858 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.43■■■□□ 2.78
SCN9AQ15858 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.43■■■□□ 2.78
SCN9AQ15858 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC32.43■■■□□ 2.78
SCN9AQ15858 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC32.43■■■□□ 2.78
SCN9AQ15858 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
SCN9AQ15858 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
SCN9AQ15858 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.4■■■□□ 2.78
SCN9AQ15858 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.39■■■□□ 2.78
SCN9AQ15858 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC32.39■■■□□ 2.78
SCN9AQ15858 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC32.38■■■□□ 2.77
SCN9AQ15858 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
SCN9AQ15858 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.37■■■□□ 2.77
SCN9AQ15858 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.37■■■□□ 2.77
SCN9AQ15858 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
SCN9AQ15858 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC32.33■■■□□ 2.77
SCN9AQ15858 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC32.32■■■□□ 2.77
SCN9AQ15858 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
SCN9AQ15858 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
SCN9AQ15858 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
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