Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHD3Q12873 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHD3Q12873 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHD3Q12873 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHD3Q12873 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CHD3Q12873 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CHD3Q12873 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CHD3Q12873 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CHD3Q12873 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CHD3Q12873 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CHD3Q12873 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CHD3Q12873 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CHD3Q12873 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CHD3Q12873 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CHD3Q12873 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.26
CHD3Q12873 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.26
CHD3Q12873 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
CHD3Q12873 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHD3Q12873 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHD3Q12873 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHD3Q12873 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHD3Q12873 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHD3Q12873 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHD3Q12873 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHD3Q12873 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CHD3Q12873 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CHD3Q12873 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CHD3Q12873 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CHD3Q12873 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CHD3Q12873 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CHD3Q12873 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CHD3Q12873 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CHD3Q12873 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CHD3Q12873 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CHD3Q12873 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CHD3Q12873 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CHD3Q12873 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CHD3Q12873 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CHD3Q12873 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CHD3Q12873 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CHD3Q12873 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CHD3Q12873 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CHD3Q12873 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CHD3Q12873 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CHD3Q12873 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CHD3Q12873 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CHD3Q12873 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHD3Q12873 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHD3Q12873 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHD3Q12873 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHD3Q12873 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHD3Q12873 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHD3Q12873 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHD3Q12873 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHD3Q12873 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHD3Q12873 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHD3Q12873 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHD3Q12873 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHD3Q12873 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHD3Q12873 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHD3Q12873 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHD3Q12873 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHD3Q12873 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHD3Q12873 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHD3Q12873 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHD3Q12873 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
CHD3Q12873 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHD3Q12873 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHD3Q12873 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHD3Q12873 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHD3Q12873 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CHD3Q12873 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CHD3Q12873 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CHD3Q12873 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHD3Q12873 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHD3Q12873 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHD3Q12873 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CHD3Q12873 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CHD3Q12873 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CHD3Q12873 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CHD3Q12873 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CHD3Q12873 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHD3Q12873 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHD3Q12873 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHD3Q12873 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHD3Q12873 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHD3Q12873 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHD3Q12873 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHD3Q12873 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHD3Q12873 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHD3Q12873 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
CHD3Q12873 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHD3Q12873 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHD3Q12873 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHD3Q12873 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHD3Q12873 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
CHD3Q12873 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHD3Q12873 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHD3Q12873 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHD3Q12873 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
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