Protein–RNA interactions for Protein: P48431

SOX2, Transcription factor SOX-2, humanhuman

Predictions only

Length 317 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX2P48431 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SOX2P48431 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SOX2P48431 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SOX2P48431 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SOX2P48431 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SOX2P48431 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SOX2P48431 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SOX2P48431 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SOX2P48431 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SOX2P48431 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SOX2P48431 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SOX2P48431 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SOX2P48431 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SOX2P48431 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SOX2P48431 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SOX2P48431 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SOX2P48431 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SOX2P48431 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SOX2P48431 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SOX2P48431 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SOX2P48431 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SOX2P48431 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
SOX2P48431 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SOX2P48431 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SOX2P48431 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SOX2P48431 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SOX2P48431 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SOX2P48431 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SOX2P48431 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SOX2P48431 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SOX2P48431 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SOX2P48431 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SOX2P48431 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SOX2P48431 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SOX2P48431 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SOX2P48431 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SOX2P48431 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SOX2P48431 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SOX2P48431 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SOX2P48431 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SOX2P48431 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SOX2P48431 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SOX2P48431 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SOX2P48431 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SOX2P48431 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SOX2P48431 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SOX2P48431 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SOX2P48431 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SOX2P48431 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SOX2P48431 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SOX2P48431 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SOX2P48431 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SOX2P48431 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SOX2P48431 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SOX2P48431 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SOX2P48431 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SOX2P48431 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SOX2P48431 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
SOX2P48431 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SOX2P48431 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SOX2P48431 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SOX2P48431 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SOX2P48431 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SOX2P48431 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
SOX2P48431 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SOX2P48431 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SOX2P48431 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SOX2P48431 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SOX2P48431 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SOX2P48431 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SOX2P48431 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SOX2P48431 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
SOX2P48431 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SOX2P48431 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SOX2P48431 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SOX2P48431 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SOX2P48431 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SOX2P48431 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SOX2P48431 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SOX2P48431 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SOX2P48431 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SOX2P48431 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SOX2P48431 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SOX2P48431 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SOX2P48431 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SOX2P48431 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SOX2P48431 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SOX2P48431 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SOX2P48431 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SOX2P48431 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SOX2P48431 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SOX2P48431 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SOX2P48431 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SOX2P48431 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SOX2P48431 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
SOX2P48431 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SOX2P48431 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SOX2P48431 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SOX2P48431 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SOX2P48431 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.7 ms