Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXD3P31249 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXD3P31249 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXD3P31249 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXD3P31249 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXD3P31249 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXD3P31249 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXD3P31249 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXD3P31249 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXD3P31249 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXD3P31249 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXD3P31249 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXD3P31249 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXD3P31249 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXD3P31249 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXD3P31249 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
HOXD3P31249 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
HOXD3P31249 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
HOXD3P31249 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
HOXD3P31249 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
HOXD3P31249 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
HOXD3P31249 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXD3P31249 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXD3P31249 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXD3P31249 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXD3P31249 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXD3P31249 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXD3P31249 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXD3P31249 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXD3P31249 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXD3P31249 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXD3P31249 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXD3P31249 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
HOXD3P31249 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
HOXD3P31249 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC20.52■□□□□ 0.88
HOXD3P31249 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
HOXD3P31249 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
HOXD3P31249 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
HOXD3P31249 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
HOXD3P31249 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
HOXD3P31249 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
HOXD3P31249 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
HOXD3P31249 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD3P31249 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD3P31249 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD3P31249 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD3P31249 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD3P31249 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD3P31249 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXD3P31249 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXD3P31249 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXD3P31249 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXD3P31249 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXD3P31249 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXD3P31249 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXD3P31249 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXD3P31249 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXD3P31249 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXD3P31249 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXD3P31249 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.87
HOXD3P31249 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
HOXD3P31249 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
HOXD3P31249 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
HOXD3P31249 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
HOXD3P31249 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
HOXD3P31249 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
HOXD3P31249 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
HOXD3P31249 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
HOXD3P31249 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
HOXD3P31249 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
HOXD3P31249 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
HOXD3P31249 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
HOXD3P31249 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
HOXD3P31249 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
HOXD3P31249 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
HOXD3P31249 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
HOXD3P31249 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC20.42■□□□□ 0.86
HOXD3P31249 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
HOXD3P31249 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
HOXD3P31249 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
HOXD3P31249 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
HOXD3P31249 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
HOXD3P31249 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
HOXD3P31249 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
HOXD3P31249 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
HOXD3P31249 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
HOXD3P31249 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC20.4■□□□□ 0.86
HOXD3P31249 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
HOXD3P31249 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
HOXD3P31249 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.86
HOXD3P31249 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
HOXD3P31249 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
HOXD3P31249 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXD3P31249 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXD3P31249 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXD3P31249 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXD3P31249 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXD3P31249 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXD3P31249 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXD3P31249 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.6 ms