Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
MSX1P28360 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
MSX1P28360 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
MSX1P28360 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
MSX1P28360 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
MSX1P28360 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
MSX1P28360 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
MSX1P28360 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
MSX1P28360 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
MSX1P28360 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
MSX1P28360 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
MSX1P28360 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
MSX1P28360 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
MSX1P28360 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
MSX1P28360 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
MSX1P28360 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
MSX1P28360 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
MSX1P28360 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
MSX1P28360 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
MSX1P28360 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
MSX1P28360 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
MSX1P28360 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
MSX1P28360 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
MSX1P28360 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.48
MSX1P28360 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
MSX1P28360 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
MSX1P28360 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
MSX1P28360 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
MSX1P28360 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
MSX1P28360 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
MSX1P28360 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
MSX1P28360 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
MSX1P28360 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
MSX1P28360 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
MSX1P28360 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
MSX1P28360 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
MSX1P28360 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
MSX1P28360 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
MSX1P28360 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
MSX1P28360 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
MSX1P28360 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
MSX1P28360 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
MSX1P28360 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
MSX1P28360 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
MSX1P28360 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
MSX1P28360 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
MSX1P28360 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
MSX1P28360 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
MSX1P28360 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
MSX1P28360 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
MSX1P28360 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
MSX1P28360 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
MSX1P28360 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
MSX1P28360 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
MSX1P28360 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
MSX1P28360 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
MSX1P28360 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
MSX1P28360 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
MSX1P28360 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
MSX1P28360 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
MSX1P28360 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
MSX1P28360 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
MSX1P28360 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
MSX1P28360 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
MSX1P28360 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
MSX1P28360 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC24.21■■□□□ 1.47
MSX1P28360 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
MSX1P28360 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
MSX1P28360 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
MSX1P28360 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC24.2■■□□□ 1.46
MSX1P28360 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
MSX1P28360 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
MSX1P28360 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSX1P28360 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSX1P28360 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
MSX1P28360 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
MSX1P28360 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSX1P28360 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
MSX1P28360 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
MSX1P28360 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
MSX1P28360 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
MSX1P28360 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
MSX1P28360 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
MSX1P28360 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC24.14■■□□□ 1.45
MSX1P28360 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
MSX1P28360 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
MSX1P28360 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
MSX1P28360 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
MSX1P28360 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
MSX1P28360 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
MSX1P28360 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
MSX1P28360 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
MSX1P28360 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
MSX1P28360 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
MSX1P28360 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
MSX1P28360 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
MSX1P28360 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
MSX1P28360 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
MSX1P28360 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
MSX1P28360 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 87.7 ms