Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
HOXD9P28356 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
HOXD9P28356 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
HOXD9P28356 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
HOXD9P28356 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
HOXD9P28356 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
HOXD9P28356 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
HOXD9P28356 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
HOXD9P28356 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC27.52■■■□□ 2
HOXD9P28356 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
HOXD9P28356 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
HOXD9P28356 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
HOXD9P28356 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
HOXD9P28356 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
HOXD9P28356 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
HOXD9P28356 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
HOXD9P28356 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
HOXD9P28356 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
HOXD9P28356 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC27.5■■□□□ 1.99
HOXD9P28356 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
HOXD9P28356 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
HOXD9P28356 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
HOXD9P28356 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC27.48■■□□□ 1.99
HOXD9P28356 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
HOXD9P28356 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC27.47■■□□□ 1.99
HOXD9P28356 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
HOXD9P28356 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
HOXD9P28356 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
HOXD9P28356 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
HOXD9P28356 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
HOXD9P28356 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
HOXD9P28356 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
HOXD9P28356 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
HOXD9P28356 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
HOXD9P28356 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
HOXD9P28356 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
HOXD9P28356 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
HOXD9P28356 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
HOXD9P28356 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC27.4■■□□□ 1.98
HOXD9P28356 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
HOXD9P28356 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
HOXD9P28356 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
HOXD9P28356 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
HOXD9P28356 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
HOXD9P28356 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
HOXD9P28356 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
HOXD9P28356 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
HOXD9P28356 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC27.37■■□□□ 1.97
HOXD9P28356 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
HOXD9P28356 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
HOXD9P28356 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC27.35■■□□□ 1.97
HOXD9P28356 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
HOXD9P28356 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
HOXD9P28356 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
HOXD9P28356 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
HOXD9P28356 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.34■■□□□ 1.97
HOXD9P28356 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
HOXD9P28356 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
HOXD9P28356 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
HOXD9P28356 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
HOXD9P28356 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
HOXD9P28356 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.96
HOXD9P28356 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
HOXD9P28356 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC27.32■■□□□ 1.96
HOXD9P28356 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
HOXD9P28356 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC27.32■■□□□ 1.96
HOXD9P28356 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
HOXD9P28356 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
HOXD9P28356 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
HOXD9P28356 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
HOXD9P28356 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
HOXD9P28356 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
HOXD9P28356 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC27.3■■□□□ 1.96
HOXD9P28356 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
HOXD9P28356 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC27.29■■□□□ 1.96
HOXD9P28356 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC27.29■■□□□ 1.96
HOXD9P28356 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC27.29■■□□□ 1.96
HOXD9P28356 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
HOXD9P28356 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
HOXD9P28356 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
HOXD9P28356 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC27.27■■□□□ 1.96
HOXD9P28356 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
HOXD9P28356 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.96
HOXD9P28356 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.26■■□□□ 1.96
HOXD9P28356 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
HOXD9P28356 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
HOXD9P28356 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
HOXD9P28356 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
HOXD9P28356 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
HOXD9P28356 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
HOXD9P28356 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
HOXD9P28356 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
HOXD9P28356 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
HOXD9P28356 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
HOXD9P28356 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
HOXD9P28356 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
HOXD9P28356 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC27.22■■□□□ 1.95
HOXD9P28356 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
HOXD9P28356 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
HOXD9P28356 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.4 ms