Protein–RNA interactions for Protein: P22415

USF1, Upstream stimulatory factor 1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF1P22415 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USF1P22415 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USF1P22415 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USF1P22415 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USF1P22415 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USF1P22415 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
USF1P22415 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
USF1P22415 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USF1P22415 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USF1P22415 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
USF1P22415 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USF1P22415 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC22.49■■□□□ 1.19
USF1P22415 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USF1P22415 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USF1P22415 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
USF1P22415 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USF1P22415 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
USF1P22415 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USF1P22415 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USF1P22415 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
USF1P22415 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USF1P22415 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USF1P22415 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USF1P22415 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USF1P22415 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USF1P22415 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USF1P22415 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USF1P22415 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
USF1P22415 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USF1P22415 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
USF1P22415 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USF1P22415 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USF1P22415 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
USF1P22415 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USF1P22415 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USF1P22415 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USF1P22415 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USF1P22415 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
USF1P22415 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
USF1P22415 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
USF1P22415 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
USF1P22415 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
USF1P22415 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
USF1P22415 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USF1P22415 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USF1P22415 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USF1P22415 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
USF1P22415 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC22.37■■□□□ 1.17
USF1P22415 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USF1P22415 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USF1P22415 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USF1P22415 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USF1P22415 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USF1P22415 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USF1P22415 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USF1P22415 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
USF1P22415 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USF1P22415 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
USF1P22415 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USF1P22415 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USF1P22415 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
USF1P22415 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USF1P22415 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
USF1P22415 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
USF1P22415 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
USF1P22415 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
USF1P22415 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
USF1P22415 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
USF1P22415 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
USF1P22415 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
USF1P22415 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
USF1P22415 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
USF1P22415 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
USF1P22415 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
USF1P22415 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
USF1P22415 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
USF1P22415 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
USF1P22415 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
USF1P22415 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
USF1P22415 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
USF1P22415 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.29■■□□□ 1.16
USF1P22415 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
USF1P22415 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
USF1P22415 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
USF1P22415 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
USF1P22415 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USF1P22415 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
USF1P22415 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USF1P22415 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
USF1P22415 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
USF1P22415 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
USF1P22415 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USF1P22415 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USF1P22415 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USF1P22415 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USF1P22415 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USF1P22415 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USF1P22415 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USF1P22415 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
USF1P22415 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.3 ms