Protein–RNA interactions for Protein: O43172

PRPF4, U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 522 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRPF4O43172 THRB-203ENST00000396671 7506 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC6.47□□□□□ -1.371e-7■■■■■ 39.3
PRPF4O43172 C1orf159-212ENST00000467751 2099 ntTSL 219.28■□□□□ 0.681e-7■■■■■ 39.2
PRPF4O43172 C1orf159-205ENST00000421241 1841 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.65■□□□□ 0.581e-7■■■■■ 39.2
PRPF4O43172 C1orf159-204ENST00000379339 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.571e-7■■■■■ 39.2
PRPF4O43172 C1orf159-203ENST00000379325 2010 ntTSL 216.98■□□□□ 0.311e-7■■■■■ 39.2
PRPF4O43172 C1orf159-213ENST00000472741 661 ntTSL 416.98■□□□□ 0.311e-7■■■■■ 39.2
PRPF4O43172 C1orf159-218ENST00000482816 982 ntTSL 516.82■□□□□ 0.281e-7■■■■■ 39.2
PRPF4O43172 C1orf159-207ENST00000434641 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 516.37■□□□□ 0.211e-7■■■■■ 39.2
PRPF4O43172 C1orf159-217ENST00000480643 579 ntTSL 414.64□□□□□ -0.071e-7■■■■■ 39.2
PRPF4O43172 C1orf159-216ENST00000477196 3214 ntTSL 214.35□□□□□ -0.111e-7■■■■■ 39.2
PRPF4O43172 C1orf159-215ENST00000475119 740 ntAPPRIS ALT2 TSL 314.22□□□□□ -0.131e-7■■■■■ 39.2
PRPF4O43172 C1orf159-209ENST00000462097 836 ntAPPRIS ALT2 TSL 314.09□□□□□ -0.151e-7■■■■■ 39.2
PRPF4O43172 FAM222B-203ENST00000577376 720 ntTSL 224.17■■□□□ 1.464e-10■■■■■ 39.1
PRPF4O43172 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC23.15■■□□□ 1.34e-10■■■■■ 39.1
PRPF4O43172 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC20.67■□□□□ 0.94e-10■■■■■ 39.1
PRPF4O43172 FAM222B-206ENST00000579381 462 ntTSL 520.61■□□□□ 0.894e-10■■■■■ 39.1
PRPF4O43172 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC20.61■□□□□ 0.894e-10■■■■■ 39.1
PRPF4O43172 FAM222B-207ENST00000581229 598 ntTSL 419.42■□□□□ 0.74e-10■■■■■ 39.1
PRPF4O43172 FAM222B-211ENST00000582266 2613 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.424e-10■■■■■ 39.1
PRPF4O43172 FAM222B-209ENST00000581407 4161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.64□□□□□ -0.394e-10■■■■■ 39.1
PRPF4O43172 FAM222B-212ENST00000583307 886 ntTSL 210.03□□□□□ -0.84e-10■■■■■ 39.1
PRPF4O43172 FAM222B-214ENST00000583953 564 ntTSL 4 BASIC9.31□□□□□ -0.924e-10■■■■■ 39.1
PRPF4O43172 FAM222B-204ENST00000577513 731 ntTSL 38.91□□□□□ -0.984e-10■■■■■ 39.1
PRPF4O43172 FOXRED1-203ENST00000525083 1228 ntTSL 216.6■□□□□ 0.253e-7■■■■■ 39
PRPF4O43172 FOXRED1-207ENST00000527004 1760 ntTSL 516.36■□□□□ 0.213e-7■■■■■ 39
PRPF4O43172 FOXRED1-201ENST00000263578 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.153e-7■■■■■ 39
PRPF4O43172 FOXRED1-213ENST00000532125 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.113e-7■■■■■ 39
PRPF4O43172 FOXRED1-217ENST00000534011 1955 ntTSL 214.77□□□□□ -0.043e-7■■■■■ 39
PRPF4O43172 FOXRED1-218ENST00000534315 2210 ntTSL 1 (best)14.14□□□□□ -0.153e-7■■■■■ 39
PRPF4O43172 FOXRED1-204ENST00000525770 1427 ntTSL 213.86□□□□□ -0.193e-7■■■■■ 39
PRPF4O43172 FOXRED1-216ENST00000533839 559 ntTSL 49.24□□□□□ -0.933e-7■■■■■ 39
PRPF4O43172 FOXRED1-210ENST00000530642 3045 ntTSL 28.74□□□□□ -1.013e-7■■■■■ 39
PRPF4O43172 AC104758.1-202ENST00000568184 602 ntTSL 3 BASIC16.81■□□□□ 0.283e-7■■■■■ 39
PRPF4O43172 AC104758.1-201ENST00000563867 380 ntBASIC10.22□□□□□ -0.773e-7■■■■■ 39
PRPF4O43172 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.923e-8■■■■■ 39
PRPF4O43172 HNRNPA3-201ENST00000392524 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.43e-8■■■■■ 39
PRPF4O43172 HNRNPA3-202ENST00000411529 5688 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC10.64□□□□□ -0.713e-8■■■■■ 39
PRPF4O43172 ITPA-205ENST00000460676 488 ntTSL 39□□□□□ -0.976e-8■■■■■ 38.9
PRPF4O43172 SMARCC2-204ENST00000547356 741 ntTSL 222.14■■□□□ 1.134e-10■■■■■ 38.9
PRPF4O43172 SMARCC2-210ENST00000550519 789 ntTSL 320.63■□□□□ 0.894e-10■■■■■ 38.9
PRPF4O43172 SMARCC2-203ENST00000394023 4271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.694e-10■■■■■ 38.9
PRPF4O43172 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.634e-10■■■■■ 38.9
PRPF4O43172 SMARCC2-202ENST00000347471 3839 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.394e-10■■■■■ 38.9
PRPF4O43172 SMARCC2-208ENST00000550150 3244 ntTSL 211.24□□□□□ -0.614e-10■■■■■ 38.9
PRPF4O43172 SMARCC2-209ENST00000550164 4114 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.57□□□□□ -0.724e-10■■■■■ 38.9
PRPF4O43172 SMARCC2-214ENST00000552674 3730 ntTSL 29.87□□□□□ -0.834e-10■■■■■ 38.9
PRPF4O43172 DOCK1-206ENST00000623213 5761 ntTSL 1 (best) BASIC9.67□□□□□ -0.862e-10■■■■■ 38.8
PRPF4O43172 DOCK1-201ENST00000280333 6797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.45□□□□□ -0.92e-10■■■■■ 38.8
PRPF4O43172 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.853e-6■■■■■ 38.8
PRPF4O43172 ZNF219-205ENST00000553980 576 ntTSL 418.19■□□□□ 0.53e-6■■■■■ 38.8
PRPF4O43172 ZNF219-202ENST00000421093 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.253e-6■■■■■ 38.8
PRPF4O43172 ZNF219-203ENST00000451119 2918 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.073e-6■■■■■ 38.8
PRPF4O43172 ZNF219-212ENST00000556944 609 ntTSL 414.93□□□□□ -0.023e-6■■■■■ 38.8
PRPF4O43172 ZNF219-211ENST00000556174 546 ntTSL 414.85□□□□□ -0.033e-6■■■■■ 38.8
PRPF4O43172 ZNF219-206ENST00000554478 545 ntTSL 414.67□□□□□ -0.063e-6■■■■■ 38.8
PRPF4O43172 ZNF219-209ENST00000555697 654 ntTSL 212.46□□□□□ -0.413e-6■■■■■ 38.8
PRPF4O43172 NFE2L1-214ENST00000582155 1998 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.132e-8■■■■■ 38.7
PRPF4O43172 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC20.34■□□□□ 0.858e-8■■■■■ 38.6
PRPF4O43172 CHTF8-203ENST00000448552 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.538e-8■■■■■ 38.6
PRPF4O43172 METTL12-202ENST00000529868 2870 ntTSL 1 (best)15.93■□□□□ 0.141e-32■■■■■ 38.5
PRPF4O43172 METTL12-203ENST00000532971 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.07□□□□□ -0.161e-32■■■■■ 38.5
PRPF4O43172 METTL12-201ENST00000398922 1368 ntTSL 413.29□□□□□ -0.281e-32■■■■■ 38.5
PRPF4O43172 METTL12-204ENST00000594728 376 nt6.15□□□□□ -1.421e-32■■■■■ 38.5
PRPF4O43172 FKBP11-211ENST00000551807 508 ntTSL 325.55■■□□□ 1.682e-11■■■■■ 38.5
PRPF4O43172 FKBP11-208ENST00000550765 1030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.012e-11■■■■■ 38.5
PRPF4O43172 FKBP11-203ENST00000453172 959 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.68□□□□□ -0.062e-11■■■■■ 38.5
PRPF4O43172 FKBP11-213ENST00000553027 4957 nt14.64□□□□□ -0.072e-11■■■■■ 38.5
PRPF4O43172 FKBP11-210ENST00000551694 2661 ntTSL 213.11□□□□□ -0.312e-11■■■■■ 38.5
PRPF4O43172 FKBP11-212ENST00000552878 1052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.03□□□□□ -0.322e-11■■■■■ 38.5
PRPF4O43172 FKBP11-206ENST00000547789 482 ntTSL 413.03□□□□□ -0.322e-11■■■■■ 38.5
PRPF4O43172 FKBP11-201ENST00000256680 725 ntTSL 313.03□□□□□ -0.322e-11■■■■■ 38.5
PRPF4O43172 AC073610.2-201ENST00000537495 406 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.52□□□□□ -0.412e-11■■■■■ 38.5
PRPF4O43172 FKBP11-207ENST00000549084 517 ntTSL 38.3□□□□□ -1.082e-11■■■■■ 38.5
PRPF4O43172 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.952e-11■■■■■ 38.4
PRPF4O43172 ARID1B-203ENST00000350026 7962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.642e-11■■■■■ 38.4
PRPF4O43172 ARID1B-202ENST00000346085 10194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.512e-11■■■■■ 38.4
PRPF4O43172 ARID1B-201ENST00000319584 2199 ntTSL 213.35□□□□□ -0.272e-11■■■■■ 38.4
PRPF4O43172 ARID1B-205ENST00000414678 6528 ntAPPRIS ALT2 TSL 59.51□□□□□ -0.892e-11■■■■■ 38.4
PRPF4O43172 ARID1B-206ENST00000452544 4443 ntTSL 27.49□□□□□ -1.212e-11■■■■■ 38.4
PRPF4O43172 ARID1B-231ENST00000637887 1468 ntTSL 55.32□□□□□ -1.562e-11■■■■■ 38.4
PRPF4O43172 ZC3H12A-201ENST00000373087 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.361e-9■■■■■ 38.3
PRPF4O43172 ZC3H12A-204ENST00000640233 2721 ntTSL 516.57■□□□□ 0.241e-9■■■■■ 38.3
PRPF4O43172 CSNK1D-217ENST00000581241 6094 ntTSL 215.27■□□□□ 0.041e-6■■■■■ 38.3
PRPF4O43172 BLCAP-206ENST00000411780 714 ntTSL 37.45□□□□□ -1.223e-17■■■■■ 38.2
PRPF4O43172 SEMA7A-201ENST00000261918 3885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.261e-10■■■■■ 38.2
PRPF4O43172 SEMA7A-202ENST00000542748 3228 ntTSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.061e-10■■■■■ 38.2
PRPF4O43172 SORBS3-202ENST00000517500 1228 ntTSL 220.25■□□□□ 0.831e-7■■■■■ 38.1
PRPF4O43172 SORBS3-218ENST00000523740 983 ntTSL 319.66■□□□□ 0.741e-7■■■■■ 38.1
PRPF4O43172 SORBS3-212ENST00000521787 561 ntTSL 418.63■□□□□ 0.571e-7■■■■■ 38.1
PRPF4O43172 RAB40C-211ENST00000568586 648 ntTSL 227.95■■■□□ 2.062e-7■■■■■ 38.1
PRPF4O43172 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.882e-7■■■■■ 38.1
PRPF4O43172 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.762e-7■■■■■ 38.1
PRPF4O43172 RAB40C-209ENST00000565511 783 ntTSL 322.49■■□□□ 1.192e-7■■■■■ 38.1
PRPF4O43172 RAB40C-207ENST00000563109 710 ntTSL 318.1■□□□□ 0.492e-7■■■■■ 38.1
PRPF4O43172 RAB40C-202ENST00000509637 565 ntTSL 314.99□□□□□ -0.012e-7■■■■■ 38.1
PRPF4O43172 NFE2L1-211ENST00000580050 476 ntTSL 417.42■□□□□ 0.382e-8■■■■■ 38.1
PRPF4O43172 NFE2L1-205ENST00000577411 562 ntTSL 517.42■□□□□ 0.382e-8■■■■■ 38.1
PRPF4O43172 NFE2L1-220ENST00000584634 588 ntTSL 417.16■□□□□ 0.342e-8■■■■■ 38.1
PRPF4O43172 NFE2L1-217ENST00000583210 512 ntTSL 414.93□□□□□ -0.022e-8■■■■■ 38.1
PRPF4O43172 NFE2L1-208ENST00000579537 372 ntTSL 411.68□□□□□ -0.542e-8■■■■■ 38.1
Retrieved 100 of 20,551 protein–RNA pairs in 491.8 ms