Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
HIF3AQ9Y2N7 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
HIF3AQ9Y2N7 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
HIF3AQ9Y2N7 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
HIF3AQ9Y2N7 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
HIF3AQ9Y2N7 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
HIF3AQ9Y2N7 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 CTNND2-201ENST00000304623 5481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC18.95■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 ROCK2-202ENST00000315872 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC18.94■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC18.94■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC18.94■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC18.94■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 SLC4A4-201ENST00000264485 5852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 SMIM10L2A-201ENST00000417443 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC18.93■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC18.93■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 EVC-201ENST00000264956 6431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 YAP1-201ENST00000282441 5386 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC18.92■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC18.91■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
HIF3AQ9Y2N7 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.9 ms