Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
VPS54Q9P1Q0 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS54Q9P1Q0 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.9 ms