Protein–RNA interactions for Protein: Q92889

ERCC4, DNA repair endonuclease XPF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 916 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ERCC4Q92889 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
ERCC4Q92889 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
ERCC4Q92889 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
ERCC4Q92889 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
ERCC4Q92889 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
ERCC4Q92889 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
ERCC4Q92889 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC23.77■■□□□ 1.4
ERCC4Q92889 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
ERCC4Q92889 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC23.77■■□□□ 1.4
ERCC4Q92889 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC23.77■■□□□ 1.4
ERCC4Q92889 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
ERCC4Q92889 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
ERCC4Q92889 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
ERCC4Q92889 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
ERCC4Q92889 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
ERCC4Q92889 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
ERCC4Q92889 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
ERCC4Q92889 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
ERCC4Q92889 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
ERCC4Q92889 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
ERCC4Q92889 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC23.76■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 NYAP1-202ENST00000454988 2777 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC23.72■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 SMIM10L2A-201ENST00000417443 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
ERCC4Q92889 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.3 ms