Protein–RNA interactions for Protein: P34223

SHP1, UBX domain-containing protein 1, yeast

Predictions only

Length 423 aa.

Protein		RNA				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	UniProt Accession	Gene	Ensembl Transcript ID	Length	Transcript Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
SHP1	P34223	COB	Q0105	1158 nt		3.29	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	UPF3	YGR072W	1164 nt		3.29	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	CAP1	YKL007W	807 nt		3.29	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	MRP8	YKL142W	660 nt		3.29	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	RPS21A	YKR057W	264 nt		3.29	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	YNL276C	YNL276C	396 nt		3.29	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	MSN1	YOL116W	1149 nt		3.29	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	ENA2	YDR039C	3276 nt		3.29	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	ENA1	YDR040C	3276 nt		3.29	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	SEC6	YIL068C	2418 nt		3.28	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	RMD6	YEL072W	696 nt		3.28	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	YGR126W	YGR126W	693 nt		3.28	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	AIM18	YHR198C	966 nt		3.28	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	YKL123W	YKL123W	381 nt		3.28	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	LDS2	YOL047C	1071 nt		3.28	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	NMD2	YHR077C	3270 nt		3.28	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	PSP1	YDR505C	2526 nt		3.27	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	CHA4	YLR098C	1947 nt		3.27	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	YDR170W-A	YDR170W-A	1323 nt		3.27	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	YBL005W-A	YBL005W-A	1323 nt		3.27	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	YMR046C	YMR046C	1323 nt		3.27	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	STP1	YDR463W	1560 nt		3.27	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	YLR352W	YLR352W	2424 nt		3.27	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	HTA1	YDR225W	399 nt		3.27	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	FRQ1	YDR373W	573 nt		3.27	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	PGD1	YGL025C	1194 nt		3.27	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	YGL109W	YGL109W	324 nt		3.27	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	YHL048C-A	YHL048C-A	135 nt		3.27	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	FAR3	YMR052W	615 nt		3.27	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	YNR062C	YNR062C	984 nt		3.27	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	MCA1	YOR197W	1299 nt		3.27	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	YBR063C	YBR063C	1215 nt		3.27	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	snR24	snR24	89 nt		3.27	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	CHO2	YGR157W	2610 nt		3.27	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	FLO9	YAL063C	3969 nt		3.27	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	YBP2	YGL060W	1926 nt		3.27	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	YDR089W	YDR089W	2610 nt		3.26	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	SRP1	YNL189W	1629 nt		3.26	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	FRE8	YLR047C	2061 nt		3.26	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	SYT1	YPR095C	3681 nt		3.26	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	CDC37	YDR168W	1521 nt		3.26	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	YMR018W	YMR018W	1545 nt		3.26	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	YDR320W-B	YDR320W-B	138 nt		3.26	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	VFA1	YER128W	612 nt		3.26	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	BRR6	YGL247W	594 nt		3.26	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	YJL114W	YJL114W	681 nt		3.26	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	RPC37	YKR025W	849 nt		3.26	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	ERP1	YAR002C-A	660 nt		3.26	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	AAR2	YBL074C	1068 nt		3.26	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	RXT2	YBR095C	1293 nt		3.26	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	MIT1	YEL007W	2001 nt		3.26	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	BYE1	YKL005C	1785 nt		3.25	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	YEL025C	YEL025C	3567 nt		3.25	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	TRM82	YDR165W	1335 nt		3.25	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	NOP56	YLR197W	1515 nt		3.25	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	STU1	YBL034C	4542 nt		3.25	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	RIM1	YCR028C-A	408 nt		3.25	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	YDR149C	YDR149C	708 nt		3.25	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	GOS1	YHL031C	672 nt		3.25	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	AIM19	YIL087C	474 nt		3.25	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	YJL147C	YJL147C	1149 nt		3.25	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	GPI14	YJR013W	1212 nt		3.25	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	YMR294W-A	YMR294W-A	360 nt		3.25	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	BRX1	YOL077C	876 nt		3.25	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	YPR153W	YPR153W	423 nt		3.25	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	ITT1	YML068W	1395 nt		3.25	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	BMS1	YPL217C	3552 nt		3.25	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	PEX1	YKL197C	3132 nt		3.24	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	REF2	YDR195W	1602 nt		3.24	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	YDR248C	YDR248C	582 nt		3.24	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	YDR381C-A	YDR381C-A	345 nt		3.24	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	YEL032C-A	YEL032C-A	162 nt		3.24	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	YEL075C	YEL075C	369 nt		3.24	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	SPT2	YER161C	1002 nt		3.24	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	YFR009W-A	YFR009W-A	258 nt		3.24	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	ECO1	YFR027W	846 nt		3.24	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	TAD1	YGL243W	1203 nt		3.24	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	LIN1	YHR156C	1023 nt		3.24	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	ATG10	YLL042C	504 nt		3.24	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	CSI1	YMR025W	888 nt		3.24	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	DGA1	YOR245C	1257 nt		3.24	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	YOR387C	YOR387C	621 nt		3.24	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	DPB3	YBR278W	606 nt		3.24	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	BAR1	YIL015W	1764 nt		3.24	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	ARP5	YNL059C	2268 nt		3.24	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	AGE1	YDR524C	1449 nt		3.24	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	APC5	YOR249C	2058 nt		3.24	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	ECM21	YBL101C	3354 nt		3.24	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	DBP10	YDL031W	2988 nt		3.24	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	RRP5	YMR229C	5190 nt		3.23	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	snR68	snR68	136 nt		3.23	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	NRG1	YDR043C	696 nt		3.23	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	HMO1	YDR174W	741 nt		3.23	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	HDA2	YDR295C	2025 nt		3.23	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	STE14	YDR410C	720 nt		3.23	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	GRX2	YDR513W	432 nt		3.23	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	VAB2	YEL005C	849 nt		3.23	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	YER039C-A	YER039C-A	219 nt		3.23	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	YKL091C	YKL091C	933 nt		3.23	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	YLR271W	YLR271W	825 nt		3.23	□□□□□ -1.89

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