Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 CRMP1-201ENST00000324989 3146 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 LRCH4-201ENST00000310300 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 CDKN2C-201ENST00000262662 2904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 TMTC1-203ENST00000539277 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 USP21-203ENST00000368002 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 CDHR5-201ENST00000349570 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC25.44■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 AC016065.1-201ENST00000500118 2413 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 GPR35-201ENST00000319838 2249 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 KCNA3-201ENST00000369769 2569 ntAPPRIS P1 BASIC25.43■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC25.43■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 ADORA2A-214ENST00000611543 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 MAPK8IP1-201ENST00000241014 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC25.42■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 ARFRP1-208ENST00000612256 2974 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 TRPC1-203ENST00000476941 3061 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 FAM206A-201ENST00000322940 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 PHF2-202ENST00000375376 3045 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 NRG2-202ENST00000289422 2923 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.3 ms