Protein–RNA interactions for Protein: Q96MW1

CCDC43, Coiled-coil domain-containing protein 43, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 224 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC43Q96MW1 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC43Q96MW1 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC43Q96MW1 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC43Q96MW1 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC43Q96MW1 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC43Q96MW1 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.39
CCDC43Q96MW1 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
CCDC43Q96MW1 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 KDM2A-202ENST00000398645 6511 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 GPR157-201ENST00000377411 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 SPTBN4-207ENST00000595535 6105 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC43Q96MW1 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.7 ms