Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 CECR2-202ENST00000342247 6178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 FGFR1-214ENST00000447712 5900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 FGF2-201ENST00000264498 6775 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.8 ms