Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC32.03■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC32.03■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC32.03■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC32.03■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.03■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.03■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC32.03■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC32.03■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC32.03■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC32.03■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC32.03■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.02■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC32.02■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.02■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.02■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.02■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.02■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC32.01■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC32.01■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC32.01■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC32■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC32■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC32■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC32■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC32■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC32■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC32■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.99■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.99■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.99■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.99■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.99■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.99■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.99■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC31.99■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.99■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.99■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.99■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.99■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC31.99■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC31.99■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.98■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.98■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC31.98■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC31.98■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.98■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC31.98■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.98■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.98■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.98■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC31.98■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC31.97■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC31.97■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC31.97■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC31.97■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC31.97■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.97■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC31.97■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC31.97■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.97■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.97■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC31.97■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC31.97■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC31.97■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC31.96■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC31.96■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.96■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC31.96■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC31.96■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.96■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC31.96■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC31.96■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC31.96■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC31.95■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.95■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC31.95■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC31.95■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC31.95■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.95■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC31.95■■■□□ 2.71
TCOF1Q13428 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC31.95■■■□□ 2.7
TCOF1Q13428 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC31.95■■■□□ 2.7
TCOF1Q13428 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC31.95■■■□□ 2.7
TCOF1Q13428 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC31.95■■■□□ 2.7
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