Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 CCNB1IP1-211ENST00000555348 505 ntTSL 42.8□□□□□ -1.964e-21■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 CD80-202ENST00000383669 771 ntTSL 1 (best) BASIC2.72□□□□□ -1.971e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 DAAM1-211ENST00000557029 450 ntTSL 32.65□□□□□ -1.991e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 KTN1-208ENST00000459737 4793 ntTSL 1 (best)2.62□□□□□ -1.991e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ZNF215-206ENST00000532533 577 ntTSL 32.56□□□□□ -21e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 DHFR-207ENST00000513314 582 ntTSL 32.5□□□□□ -2.011e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 AC093151.3-203ENST00000422305 514 ntTSL 3 BASIC2.42□□□□□ -2.021e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 RPS6KA3-203ENST00000457145 804 ntTSL 22.37□□□□□ -2.031e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ELF2-211ENST00000514577 682 ntTSL 52.3□□□□□ -2.041e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 MIER3-202ENST00000381199 5188 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC2.23□□□□□ -2.051e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 MRPL19-206ENST00000492255 359 ntTSL 32.19□□□□□ -2.061e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 MIER3-206ENST00000440000 219 ntTSL 52.15□□□□□ -2.071e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 MIER3-204ENST00000381226 5210 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC2.13□□□□□ -2.071e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 BACH1-211ENST00000548219 325 ntTSL 22.06□□□□□ -2.081e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 KTN1-207ENST00000438792 4449 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC2.04□□□□□ -2.081e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 KTN1-225ENST00000557267 291 ntTSL 31.93□□□□□ -2.11e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PHF20L1-205ENST00000395374 2761 ntTSL 21.83□□□□□ -2.121e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 XRCC4-204ENST00000509268 1567 ntTSL 21.8□□□□□ -2.121e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ATP6V1C1-206ENST00000521671 517 ntTSL 31.64□□□□□ -2.151e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ARPC2-213ENST00000478612 528 ntTSL 31.62□□□□□ -2.151e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 CCNB1IP1-207ENST00000553291 392 ntTSL 31.59□□□□□ -2.164e-21■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 CCDC93-205ENST00000466171 477 ntTSL 31.49□□□□□ -2.171e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 KTN1-205ENST00000395314 4618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC1.42□□□□□ -2.181e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 BACH1-212ENST00000548467 217 ntTSL 21.34□□□□□ -2.21e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 FAM19A2-203ENST00000547075 427 ntTSL 31.19□□□□□ -2.226e-17■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 MSI2-207ENST00000579205 500 ntTSL 415.81■□□□□ 0.127e-7■■■■■ 172.2
SF3B1O75533 MSI2-216ENST00000582772 398 ntTSL 35.63□□□□□ -1.517e-7■■■■■ 172.2
SF3B1O75533 TMEM98-201ENST00000261713 826 ntTSL 327.17■■□□□ 1.942e-6■■■■■ 172.1
SF3B1O75533 TMEM98-203ENST00000395149 808 ntTSL 226.7■■□□□ 1.872e-6■■■■■ 172.1
SF3B1O75533 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.512e-6■■■■■ 172.1
SF3B1O75533 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.892e-6■■■■■ 172.1
SF3B1O75533 TMEM98-205ENST00000578289 806 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.032e-6■■■■■ 172.1
SF3B1O75533 TMEM98-209ENST00000583437 776 ntTSL 314.41□□□□□ -0.12e-6■■■■■ 172.1
SF3B1O75533 TMEM98-208ENST00000583120 504 ntTSL 214.41□□□□□ -0.12e-6■■■■■ 172.1
SF3B1O75533 TMEM98-207ENST00000582227 424 ntTSL 514.12□□□□□ -0.152e-6■■■■■ 172.1
SF3B1O75533 TMEM98-204ENST00000439138 896 ntTSL 313.96□□□□□ -0.172e-6■■■■■ 172.1
SF3B1O75533 MAD1L1-215ENST00000464742 449 ntTSL 517.51■□□□□ 0.391e-7■■■■■ 171.8
SF3B1O75533 FCHO2-202ENST00000430046 4981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.02□□□□□ -0.652e-6■■■■■ 171.6
SF3B1O75533 FCHO2-207ENST00000512348 2700 ntTSL 2 BASIC5.49□□□□□ -1.532e-6■■■■■ 171.6
SF3B1O75533 CHST11-201ENST00000303694 5709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.532e-6■■■■■ 171.5
SF3B1O75533 CHST11-205ENST00000549260 5696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.532e-6■■■■■ 171.5
SF3B1O75533 NUDCD3-202ENST00000355451 8256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.96□□□□□ -0.52e-6■■■■■ 171.4
SF3B1O75533 NRBP2-208ENST00000532940 1782 ntTSL 1 (best)25.24■■□□□ 1.636e-7■■■■■ 171.3
SF3B1O75533 NRBP2-210ENST00000533846 1623 ntTSL 1 (best)24.7■■□□□ 1.546e-7■■■■■ 171.3
SF3B1O75533 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.266e-7■■■■■ 171.3
SF3B1O75533 SLC39A14-209ENST00000520644 377 ntTSL 521.89■■□□□ 1.16e-7■■■■■ 171.3
SF3B1O75533 SLC39A14-212ENST00000524285 570 ntTSL 419.5■□□□□ 0.716e-7■■■■■ 171.3
SF3B1O75533 AL355315.1-201ENST00000370649 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19■□□□□ 0.636e-7■■■■■ 171.3
SF3B1O75533 SLC39A14-201ENST00000240095 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.146e-7■■■■■ 171.3
SF3B1O75533 PI4K2A-201ENST00000370631 4189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.056e-7■■■■■ 171.3
SF3B1O75533 SLC39A14-204ENST00000381237 4641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.58□□□□□ -0.46e-7■■■■■ 171.3
SF3B1O75533 SLC39A14-203ENST00000359741 4641 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC11.88□□□□□ -0.516e-7■■■■■ 171.3
SF3B1O75533 DHX8-201ENST00000262415 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.556e-7■■■■■ 171.3
SF3B1O75533 SLC39A14-210ENST00000520832 578 ntTSL 49.39□□□□□ -0.916e-7■■■■■ 171.3
SF3B1O75533 DHX8-202ENST00000540306 3809 ntTSL 2 BASIC8.39□□□□□ -1.076e-7■■■■■ 171.3
SF3B1O75533 MAP2K2-210ENST00000601786 1778 ntTSL 219.82■□□□□ 0.762e-6■■■■■ 171.1
SF3B1O75533 CCDC57-206ENST00000392347 3000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.182e-6■■■■■ 171
SF3B1O75533 CCDC57-202ENST00000389641 3000 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.94□□□□□ -0.182e-6■■■■■ 171
SF3B1O75533 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.96e-7■■■■■ 170.9
SF3B1O75533 VWA1-203ENST00000476993 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.416e-7■■■■■ 170.9
SF3B1O75533 RHBDF1-201ENST00000262316 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.373e-8■■■■■ 170.8
SF3B1O75533 RHBDF1-204ENST00000428730 2751 ntTSL 517.07■□□□□ 0.323e-8■■■■■ 170.8
SF3B1O75533 CCDC57-204ENST00000392345 678 ntAPPRIS ALT2 TSL 315.23■□□□□ 0.031e-6■■■■■ 170.7
SF3B1O75533 CCDC57-218ENST00000583593 429 ntTSL 314.91□□□□□ -0.021e-6■■■■■ 170.7
SF3B1O75533 NDRG1-202ENST00000414097 3755 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.194e-7■■■■■ 170.7
SF3B1O75533 NDRG1-209ENST00000518176 888 ntTSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.024e-7■■■■■ 170.7
SF3B1O75533 NDRG1-221ENST00000522377 1103 ntTSL 513.8□□□□□ -0.24e-7■■■■■ 170.7
SF3B1O75533 NDRG1-222ENST00000522476 1385 ntTSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.214e-7■■■■■ 170.7
SF3B1O75533 NDRG1-207ENST00000518066 560 ntTSL 5 BASIC12.88□□□□□ -0.354e-7■■■■■ 170.7
SF3B1O75533 NDRG1-204ENST00000517599 2918 ntTSL 212.42□□□□□ -0.424e-7■■■■■ 170.7
SF3B1O75533 NDRG1-229ENST00000537882 2975 ntTSL 2 BASIC11.84□□□□□ -0.514e-7■■■■■ 170.7
SF3B1O75533 NDRG1-201ENST00000323851 3014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.614e-7■■■■■ 170.7
SF3B1O75533 MBIP-203ENST00000416007 1648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.84e-8■■■■■ 170.4
SF3B1O75533 MBIP-211ENST00000621657 1809 ntTSL 5 BASIC13.76□□□□□ -0.214e-8■■■■■ 170.4
SF3B1O75533 MBIP-202ENST00000359527 1449 ntTSL 1 (best) BASIC10.96□□□□□ -0.654e-8■■■■■ 170.4
SF3B1O75533 MBIP-201ENST00000318473 1586 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC10.78□□□□□ -0.684e-8■■■■■ 170.4
SF3B1O75533 ANGEL1-201ENST00000251089 5176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.52e-7■■■■■ 170.2
SF3B1O75533 ZNF148-210ENST00000497929 2381 ntTSL 54.87□□□□□ -1.632e-7■■■■■ 170.2
SF3B1O75533 SGK3-204ENST00000518388 577 ntTSL 53.64□□□□□ -1.832e-7■■■■■ 170.2
SF3B1O75533 CLIP1-219ENST00000620786 5913 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.68□□□□□ -0.548e-7■■■■■ 170.2
SF3B1O75533 CLIP1-203ENST00000361654 5568 ntTSL 5 BASIC11.27□□□□□ -0.618e-7■■■■■ 170.2
SF3B1O75533 CLIP1-209ENST00000537178 5229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.93□□□□□ -0.668e-7■■■■■ 170.2
SF3B1O75533 CLIP1-202ENST00000358808 5880 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC10.44□□□□□ -0.748e-7■■■■■ 170.2
SF3B1O75533 RANGAP1-201ENST00000356244 3060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.353e-6■■■■■ 170.1
SF3B1O75533 RANGAP1-202ENST00000405486 3469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.98□□□□□ -0.493e-6■■■■■ 170.1
SF3B1O75533 RANGAP1-207ENST00000455915 4222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.73□□□□□ -0.693e-6■■■■■ 170.1
SF3B1O75533 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.23e-6■■■■■ 170.1
SF3B1O75533 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.732e-6■■■■■ 169.6
SF3B1O75533 MBIP-204ENST00000603139 702 ntTSL 55.25□□□□□ -1.573e-9■■■■■ 169
SF3B1O75533 MBIP-208ENST00000604336 853 ntTSL 54.29□□□□□ -1.723e-9■■■■■ 169
SF3B1O75533 MBIP-210ENST00000605579 952 ntTSL 24.25□□□□□ -1.733e-9■■■■■ 169
SF3B1O75533 TCIRG1-213ENST00000532635 2457 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.828e-7■■■■■ 169
SF3B1O75533 REXO1-205ENST00000587524 1390 ntTSL 1 (best)22.41■■□□□ 1.189e-7■■■■■ 169
SF3B1O75533 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.083e-6■■■■■ 168.9
SF3B1O75533 LRP5-206ENST00000529993 5103 ntTSL 1 (best)15.07■□□□□ 03e-6■■■■■ 168.9
SF3B1O75533 SLC25A17-211ENST00000443810 593 ntTSL 320.84■□□□□ 0.937e-8■■■■■ 168.9
SF3B1O75533 SLC25A17-203ENST00000412879 561 ntTSL 419.92■□□□□ 0.787e-8■■■■■ 168.9
SF3B1O75533 SLC25A17-214ENST00000458600 801 ntTSL 318.82■□□□□ 0.67e-8■■■■■ 168.9
SF3B1O75533 SLC25A17-208ENST00000434185 565 ntTSL 414.2□□□□□ -0.147e-8■■■■■ 168.9
SF3B1O75533 SLC25A17-217ENST00000544408 2060 ntTSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.237e-8■■■■■ 168.9
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1624.7 ms