Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
USP4Q13107 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP4Q13107 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP4Q13107 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP4Q13107 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP4Q13107 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP4Q13107 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP4Q13107 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP4Q13107 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
USP4Q13107 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP4Q13107 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
USP4Q13107 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP4Q13107 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP4Q13107 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP4Q13107 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP4Q13107 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP4Q13107 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP4Q13107 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP4Q13107 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP4Q13107 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP4Q13107 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP4Q13107 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP4Q13107 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP4Q13107 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
USP4Q13107 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP4Q13107 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP4Q13107 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP4Q13107 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP4Q13107 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP4Q13107 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP4Q13107 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP4Q13107 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP4Q13107 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP4Q13107 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP4Q13107 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP4Q13107 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP4Q13107 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP4Q13107 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP4Q13107 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP4Q13107 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP4Q13107 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP4Q13107 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
USP4Q13107 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP4Q13107 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP4Q13107 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP4Q13107 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP4Q13107 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP4Q13107 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP4Q13107 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP4Q13107 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP4Q13107 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP4Q13107 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP4Q13107 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP4Q13107 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP4Q13107 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP4Q13107 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP4Q13107 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP4Q13107 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP4Q13107 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP4Q13107 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP4Q13107 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP4Q13107 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP4Q13107 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP4Q13107 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP4Q13107 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
USP4Q13107 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP4Q13107 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP4Q13107 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP4Q13107 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP4Q13107 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP4Q13107 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP4Q13107 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP4Q13107 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP4Q13107 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP4Q13107 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP4Q13107 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP4Q13107 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP4Q13107 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP4Q13107 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP4Q13107 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP4Q13107 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP4Q13107 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP4Q13107 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP4Q13107 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP4Q13107 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP4Q13107 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
USP4Q13107 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
USP4Q13107 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP4Q13107 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP4Q13107 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP4Q13107 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
USP4Q13107 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC22.08■■□□□ 1.12
USP4Q13107 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
USP4Q13107 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC22.08■■□□□ 1.12
USP4Q13107 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP4Q13107 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP4Q13107 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP4Q13107 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP4Q13107 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP4Q13107 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
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