Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
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