Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY93

DDX56, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX56, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX56Q9NY93 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
DDX56Q9NY93 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC22.08■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 DTX4-201ENST00000227451 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC22.04■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC22.04■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC22.04■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
DDX56Q9NY93 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.7 ms