Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 KIFAP3-203ENST00000367767 2718 ntTSL 1 (best) BASIC7.78□□□□□ -1.161e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ST3GAL5-216ENST00000638258 455 ntTSL 37.71□□□□□ -1.181e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 SLC12A6-201ENST00000290209 7286 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC7.71□□□□□ -1.181e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 FAM118B-208ENST00000531935 1888 ntTSL 27.7□□□□□ -1.181e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ZEB1-222ENST00000561212 1500 ntTSL 57.68□□□□□ -1.182e-6■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 CHSY1-205ENST00000561143 819 ntTSL 27.64□□□□□ -1.191e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 CARD8-209ENST00000518979 3533 ntTSL 1 (best)7.61□□□□□ -1.191e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 TMPRSS4-208ENST00000519813 558 ntTSL 57.6□□□□□ -1.191e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 SIPA1L1-201ENST00000358550 6539 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC7.56□□□□□ -1.21e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 UEVLD-202ENST00000320750 1799 ntTSL 1 (best) BASIC7.55□□□□□ -1.21e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PABPC1L-206ENST00000372822 536 ntTSL 57.52□□□□□ -1.212e-14■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 AC009948.1-203ENST00000450044 793 ntTSL 3 BASIC7.52□□□□□ -1.211e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 TOR1AIP1-207ENST00000527867 486 ntTSL 37.46□□□□□ -1.221e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 SMARCE1P1-201ENST00000417747 1186 ntBASIC7.43□□□□□ -1.221e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 AMD1-207ENST00000612642 4745 ntTSL 1 (best)7.42□□□□□ -1.221e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ZEB1-221ENST00000561061 970 ntTSL 1 (best)7.4□□□□□ -1.222e-6■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 LGALS8-228ENST00000532826 658 ntTSL 27.38□□□□□ -1.231e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 BRD8-207ENST00000427976 1011 ntTSL 37.37□□□□□ -1.231e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 HMG20A-202ENST00000381714 4112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.37□□□□□ -1.231e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ELP1-203ENST00000495759 2840 ntTSL 1 (best)7.32□□□□□ -1.241e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ROCK1-207ENST00000635540 5656 ntTSL 57.32□□□□□ -1.241e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 KIAA0319L-217ENST00000485551 4398 ntTSL 27.27□□□□□ -1.251e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ZFYVE9-205ENST00000469134 859 ntTSL 37.22□□□□□ -1.251e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 UNC13B-209ENST00000635942 14550 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC7.22□□□□□ -1.251e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ZEB1-216ENST00000559496 1381 ntTSL 1 (best)7.21□□□□□ -1.262e-6■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 CCNB1IP1-213ENST00000556563 646 ntTSL 37.18□□□□□ -1.264e-21■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 RAD51C-204ENST00000425173 639 ntTSL 57.17□□□□□ -1.261e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ZFP62-201ENST00000502412 3415 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC7.12□□□□□ -1.271e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 TMEM14B-207ENST00000467229 483 ntTSL 37.12□□□□□ -1.271e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 AATF-206ENST00000616434 502 ntTSL 37.1□□□□□ -1.271e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 CDC40-207ENST00000606893 3372 ntTSL 27.1□□□□□ -1.271e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 KNL1-213ENST00000614337 3211 ntTSL 1 (best)7.1□□□□□ -1.271e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 AGBL4-205ENST00000416121 3938 ntTSL 1 (best)7.1□□□□□ -1.271e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ADAMTS3-202ENST00000505193 1002 ntTSL 27.08□□□□□ -1.281e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 KLHL3-214ENST00000515334 648 ntTSL 37.07□□□□□ -1.281e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 LY86-AS1-202ENST00000435641 2819 ntTSL 2 BASIC7.02□□□□□ -1.291e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 NSFL1C-204ENST00000461211 3799 ntTSL 57□□□□□ -1.292e-9■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 TXLNG-203ENST00000485153 3231 ntTSL 36.98□□□□□ -1.291e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PPP6C-204ENST00000456642 569 ntTSL 36.97□□□□□ -1.291e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 LGALS8-204ENST00000352231 1402 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC6.94□□□□□ -1.31e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 AC011603.2-205ENST00000551496 319 ntTSL 36.94□□□□□ -1.31e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ZEB1-217ENST00000559858 2745 ntTSL 1 (best)6.93□□□□□ -1.31e-6■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PPP1R32-204ENST00000535545 533 ntTSL 26.86□□□□□ -1.311e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 TMC7-202ENST00000421369 4499 ntTSL 1 (best) BASIC6.85□□□□□ -1.311e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 DNAH1-204ENST00000486752 13300 ntTSL 26.85□□□□□ -1.312e-6■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 KIAA0319L-213ENST00000474856 295 ntTSL 36.82□□□□□ -1.321e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 FRS2-209ENST00000550389 6600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.81□□□□□ -1.321e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 RAD51C-209ENST00000482007 1098 ntTSL 1 (best)6.73□□□□□ -1.331e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ATG4C-202ENST00000371118 665 ntTSL 56.73□□□□□ -1.332e-14■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 HEMK1-203ENST00000434410 17064 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC6.68□□□□□ -1.341e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PECR-204ENST00000464722 640 ntTSL 46.68□□□□□ -1.341e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ZEB1-211ENST00000558440 886 ntTSL 1 (best)6.66□□□□□ -1.341e-6■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 AMD1-208ENST00000619590 4329 ntTSL 26.6□□□□□ -1.351e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 LGALS8-220ENST00000526634 1852 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC6.58□□□□□ -1.361e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 EVL-222ENST00000557153 590 ntTSL 46.57□□□□□ -1.361e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ZEB1-204ENST00000437844 6246 ntTSL 1 (best)6.56□□□□□ -1.361e-6■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ARHGEF6-201ENST00000250617 6019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.56□□□□□ -1.362e-6■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ZNF813-201ENST00000396403 6151 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC6.55□□□□□ -1.361e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 AC009948.1-207ENST00000415236 662 ntTSL 26.53□□□□□ -1.361e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ZEB1-201ENST00000320985 5423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC6.52□□□□□ -1.371e-6■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 LGALS8-225ENST00000529489 554 ntTSL 56.5□□□□□ -1.371e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 HMG20A-201ENST00000336216 4046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.5□□□□□ -1.371e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 CSMD1-201ENST00000335551 12134 ntTSL 1 (best)6.49□□□□□ -1.371e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PNPLA4-204ENST00000537427 2559 ntTSL 2 BASIC6.48□□□□□ -1.371e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 CRACR2A-204ENST00000514026 7554 ntTSL 26.47□□□□□ -1.371e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PLEKHA5-202ENST00000424268 4391 ntTSL 2 BASIC6.4□□□□□ -1.381e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 LGALS8-217ENST00000525042 903 ntTSL 1 (best) BASIC6.4□□□□□ -1.391e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 LGALS8-209ENST00000430527 569 ntTSL 56.35□□□□□ -1.391e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 EPB41L2-220ENST00000528282 3663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC6.34□□□□□ -1.392e-6■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ZEB1-210ENST00000557827 877 ntTSL 1 (best)6.3□□□□□ -1.42e-6■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 TTF2-201ENST00000369466 9462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.3□□□□□ -1.42e-14■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ZNF701-202ENST00000391785 2634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC6.28□□□□□ -1.41e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 NBN-206ENST00000517337 565 ntTSL 46.27□□□□□ -1.411e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 B3GALNT2-203ENST00000461994 395 ntTSL 36.24□□□□□ -1.411e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 AC105411.1-203ENST00000568819 601 ntTSL 5 BASIC6.24□□□□□ -1.411e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 VRK2-206ENST00000435505 2446 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC6.19□□□□□ -1.422e-6■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PHF20L1-217ENST00000521038 427 ntTSL 56.18□□□□□ -1.421e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ZNF215-205ENST00000529903 1396 ntTSL 1 (best) BASIC6.17□□□□□ -1.421e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 FEM1B-203ENST00000566739 574 ntTSL 46.15□□□□□ -1.431e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 KLHL3-211ENST00000510529 423 ntTSL 36.13□□□□□ -1.431e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PRIM2-205ENST00000490313 410 ntTSL 36.12□□□□□ -1.431e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 BACH1-201ENST00000286800 5669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.1□□□□□ -1.431e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 LGALS8-222ENST00000527974 1349 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC6.06□□□□□ -1.441e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 DOPEY1-201ENST00000237163 7995 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC6.04□□□□□ -1.441e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ZEB1-215ENST00000559476 1205 ntTSL 25.98□□□□□ -1.452e-6■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 MIER3-209ENST00000480115 394 ntTSL 55.95□□□□□ -1.461e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ATM-216ENST00000531525 1513 ntTSL 1 (best)5.95□□□□□ -1.461e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 CYFIP2-202ENST00000518456 377 ntTSL 35.93□□□□□ -1.461e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 GLUD1P3-202ENST00000508551 200 ntBASIC5.91□□□□□ -1.461e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 HMG20A-212ENST00000560986 747 ntTSL 25.91□□□□□ -1.461e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 TOR1AIP1-205ENST00000524653 544 ntTSL 55.9□□□□□ -1.471e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 TOR1AIP1-202ENST00000435319 3397 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.9□□□□□ -1.471e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 AC009948.1-206ENST00000436616 1020 ntTSL 3 BASIC5.86□□□□□ -1.471e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ZEB1-219ENST00000560721 3368 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC5.86□□□□□ -1.471e-6■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 XRCC4-206ENST00000542685 1243 ntTSL 1 (best)5.85□□□□□ -1.471e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ZEB1-209ENST00000542879 3645 ntTSL 25.82□□□□□ -1.481e-6■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 CSMD1-215ENST00000537824 13512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.81□□□□□ -1.481e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PNPLA4-203ENST00000444736 2752 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC5.75□□□□□ -1.491e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ATP8B4-213ENST00000560161 543 ntTSL 45.74□□□□□ -1.491e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 SLC12A6-216ENST00000560164 3744 ntTSL 2 BASIC5.7□□□□□ -1.51e-7■■■■■ 172.3
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1984 ms