Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC21.83■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC21.83■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31 ms