Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC21.47■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.1 ms