Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY46

SCN3A, Sodium channel protein type 3 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3AQ9NY46 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC20.17■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC20.15■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.5 ms