Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 PISD-214ENST00000478893 1056 ntTSL 215.7■□□□□ 0.12e-6■■■■■ 35.6
SF3A3Q12874 PISD-211ENST00000460723 2534 ntTSL 1 (best)15.13■□□□□ 0.012e-6■■■■■ 35.6
SF3A3Q12874 PISD-209ENST00000439502 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.052e-6■■■■■ 35.6
SF3A3Q12874 PISD-202ENST00000382151 2669 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.74□□□□□ -0.212e-6■■■■■ 35.6
SF3A3Q12874 PISD-203ENST00000397500 2194 ntTSL 5 BASIC13.64□□□□□ -0.232e-6■■■■■ 35.6
SF3A3Q12874 PISD-217ENST00000491342 692 ntTSL 513.17□□□□□ -0.32e-6■■■■■ 35.6
SF3A3Q12874 PISD-208ENST00000437808 2264 ntTSL 512.63□□□□□ -0.392e-6■■■■■ 35.6
SF3A3Q12874 PISD-201ENST00000266095 2655 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.14□□□□□ -0.472e-6■■■■■ 35.6
SF3A3Q12874 PISD-207ENST00000435900 1723 ntTSL 510.77□□□□□ -0.692e-6■■■■■ 35.6
SF3A3Q12874 PISD-204ENST00000422020 1015 ntTSL 59.66□□□□□ -0.862e-6■■■■■ 35.6
SF3A3Q12874 ACAP3-209ENST00000476572 819 ntTSL 514.37□□□□□ -0.116e-8■■■■■ 35.6
SF3A3Q12874 CLASRP-201ENST00000221455 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.741e-6■■■■■ 35.6
SF3A3Q12874 CLASRP-203ENST00000391953 1941 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.521e-6■■■■■ 35.6
SF3A3Q12874 CLASRP-202ENST00000391952 2213 ntTSL 1 (best)16.39■□□□□ 0.221e-6■■■■■ 35.6
SF3A3Q12874 CLASRP-204ENST00000544944 2769 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.121e-6■■■■■ 35.6
SF3A3Q12874 ILF3-205ENST00000586544 3859 ntTSL 1 (best)11.66□□□□□ -0.541e-6■■■■■ 35.6
SF3A3Q12874 PFKFB4-208ENST00000452531 1011 ntTSL 516.36■□□□□ 0.211e-7■■■■■ 35.6
SF3A3Q12874 EXOC3L4-205ENST00000560102 563 ntTSL 319.29■□□□□ 0.685e-11■■■■■ 35.5
SF3A3Q12874 POLR3E-217ENST00000569757 662 ntTSL 414.3□□□□□ -0.126e-9■■■■■ 35.5
SF3A3Q12874 DDX11-223ENST00000542838 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.171e-6■■■■■ 35.5
SF3A3Q12874 DDX11-213ENST00000539049 3471 ntTSL 512.07□□□□□ -0.481e-6■■■■■ 35.5
SF3A3Q12874 DDX11-208ENST00000536265 3603 ntTSL 512.06□□□□□ -0.481e-6■■■■■ 35.5
SF3A3Q12874 DDX11-201ENST00000228264 3717 ntTSL 1 (best) BASIC11.78□□□□□ -0.521e-6■■■■■ 35.5
SF3A3Q12874 DDX11-204ENST00000435753 4182 ntTSL 511.31□□□□□ -0.61e-6■■■■■ 35.5
SF3A3Q12874 DDX11-202ENST00000350437 3724 ntTSL 1 (best) BASIC11.19□□□□□ -0.621e-6■■■■■ 35.5
SF3A3Q12874 DDX11-229ENST00000545668 3751 ntTSL 1 (best) BASIC10.84□□□□□ -0.671e-6■■■■■ 35.5
SF3A3Q12874 DDX11-211ENST00000538345 498 ntTSL 510.75□□□□□ -0.691e-6■■■■■ 35.5
SF3A3Q12874 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.921e-6■■■■■ 35.5
SF3A3Q12874 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.77■□□□□ 0.751e-6■■■■■ 35.5
SF3A3Q12874 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.691e-6■■■■■ 35.5
SF3A3Q12874 DBNL-208ENST00000441840 1854 ntTSL 518.93■□□□□ 0.621e-6■■■■■ 35.5
SF3A3Q12874 DBNL-219ENST00000490734 2004 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.611e-6■■■■■ 35.5
SF3A3Q12874 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.521e-6■■■■■ 35.5
SF3A3Q12874 DBNL-218ENST00000485932 553 ntTSL 417.86■□□□□ 0.451e-6■■■■■ 35.5
SF3A3Q12874 DBNL-214ENST00000456905 1241 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.341e-6■■■■■ 35.5
SF3A3Q12874 DBNL-222ENST00000498733 1401 ntTSL 216.91■□□□□ 0.31e-6■■■■■ 35.5
SF3A3Q12874 DBNL-209ENST00000441904 878 ntTSL 316.69■□□□□ 0.261e-6■■■■■ 35.5
SF3A3Q12874 DBNL-203ENST00000429716 1622 ntTSL 216.59■□□□□ 0.251e-6■■■■■ 35.5
SF3A3Q12874 DBNL-201ENST00000411855 1447 ntTSL 216.57■□□□□ 0.241e-6■■■■■ 35.5
SF3A3Q12874 DBNL-213ENST00000452943 1513 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.231e-6■■■■■ 35.5
SF3A3Q12874 DBNL-205ENST00000439815 561 ntTSL 416.21■□□□□ 0.191e-6■■■■■ 35.5
SF3A3Q12874 DBNL-216ENST00000464762 693 ntTSL 516.21■□□□□ 0.191e-6■■■■■ 35.5
SF3A3Q12874 DBNL-221ENST00000497184 4090 ntTSL 1 (best)14.66□□□□□ -0.061e-6■■■■■ 35.5
SF3A3Q12874 DBNL-204ENST00000432854 9618 ntTSL 512.54□□□□□ -0.41e-6■■■■■ 35.5
SF3A3Q12874 KIZ-203ENST00000441136 442 ntTSL 34.7□□□□□ -1.666e-7■■■■■ 35.5
SF3A3Q12874 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.811e-6■■■■■ 35.5
SF3A3Q12874 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.861e-6■■■■■ 35.5
SF3A3Q12874 DDX42-216ENST00000583590 4148 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.861e-6■■■■■ 35.5
SF3A3Q12874 DDX42-208ENST00000578681 4337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.471e-6■■■■■ 35.5
SF3A3Q12874 DDX42-204ENST00000577940 1427 ntTSL 57.87□□□□□ -1.151e-6■■■■■ 35.5
SF3A3Q12874 DDX42-203ENST00000457800 3323 ntTSL 5 BASIC7.61□□□□□ -1.191e-6■■■■■ 35.5
SF3A3Q12874 NCKIPSD-206ENST00000439518 1214 ntTSL 1 (best)17.52■□□□□ 0.43e-6■■■■■ 35.4
SF3A3Q12874 GALE-205ENST00000445705 792 ntTSL 216.41■□□□□ 0.221e-6■■■■■ 35.4
SF3A3Q12874 GALE-213ENST00000470949 547 ntTSL 315.6■□□□□ 0.091e-6■■■■■ 35.4
SF3A3Q12874 GALE-202ENST00000418277 882 ntTSL 515.26■□□□□ 0.031e-6■■■■■ 35.4
SF3A3Q12874 GALE-215ENST00000486382 449 ntTSL 314.72□□□□□ -0.051e-6■■■■■ 35.4
SF3A3Q12874 NCKIPSD-208ENST00000454134 998 ntTSL 314.4□□□□□ -0.13e-6■■■■■ 35.4
SF3A3Q12874 NCKIPSD-207ENST00000453349 889 ntTSL 313.54□□□□□ -0.243e-6■■■■■ 35.4
SF3A3Q12874 GALE-210ENST00000467493 987 ntTSL 513.32□□□□□ -0.281e-6■■■■■ 35.4
SF3A3Q12874 NCKIPSD-205ENST00000426678 897 ntTSL 512.92□□□□□ -0.343e-6■■■■■ 35.4
SF3A3Q12874 GALE-203ENST00000425913 876 ntTSL 511.75□□□□□ -0.531e-6■■■■■ 35.4
SF3A3Q12874 HECTD4-213ENST00000550968 2313 ntTSL 211.76□□□□□ -0.535e-10■■■■■ 35.4
SF3A3Q12874 HECTD4-214ENST00000552437 458 ntTSL 310.36□□□□□ -0.755e-10■■■■■ 35.4
SF3A3Q12874 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.592e-9■■■■■ 35.4
SF3A3Q12874 BTBD19-207ENST00000485668 2659 ntTSL 223.55■■□□□ 1.362e-9■■■■■ 35.4
SF3A3Q12874 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.032e-9■■■■■ 35.4
SF3A3Q12874 BTBD19-209ENST00000495433 934 ntTSL 321.22■□□□□ 0.992e-9■■■■■ 35.4
SF3A3Q12874 UNKL-204ENST00000389221 5116 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.65■□□□□ 0.744e-6■■■■■ 35.4
SF3A3Q12874 UNKL-210ENST00000508903 3430 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC13.33□□□□□ -0.274e-6■■■■■ 35.4
SF3A3Q12874 MTHFD1-202ENST00000545908 6814 ntTSL 2 BASIC9.63□□□□□ -0.872e-6■■■■■ 35.4
SF3A3Q12874 MTHFD1-201ENST00000216605 3136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.19□□□□□ -0.942e-6■■■■■ 35.4
SF3A3Q12874 KATNB1-205ENST00000563462 827 ntTSL 511.98□□□□□ -0.492e-6■■■■■ 35.3
SF3A3Q12874 MUS81-213ENST00000530928 1793 ntTSL 219.65■□□□□ 0.742e-6■■■■■ 35.3
SF3A3Q12874 ADRM1-202ENST00000462554 735 ntTSL 322.67■■□□□ 1.223e-7■■■■■ 35.3
SF3A3Q12874 ADRM1-203ENST00000465805 630 ntTSL 213.22□□□□□ -0.293e-7■■■■■ 35.3
SF3A3Q12874 ITIH3-201ENST00000416872 2220 ntTSL 2 BASIC12.19□□□□□ -0.466e-7■■■■■ 35.3
SF3A3Q12874 ITIH3-202ENST00000449956 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.34□□□□□ -0.916e-7■■■■■ 35.3
SF3A3Q12874 ITIH3-211ENST00000621946 3038 ntTSL 1 (best) BASIC9.23□□□□□ -0.936e-7■■■■■ 35.3
SF3A3Q12874 MYRF-202ENST00000278836 5927 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.41□□□□□ -0.11e-6■■■■■ 35.3
SF3A3Q12874 MYRF-201ENST00000265460 5745 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.251e-6■■■■■ 35.3
SF3A3Q12874 EPAS1-201ENST00000263734 5166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.051e-6■■■■■ 35.3
SF3A3Q12874 EPAS1-210ENST00000483692 657 ntTSL 211.47□□□□□ -0.571e-6■■■■■ 35.3
SF3A3Q12874 EXOSC10-207ENST00000474216 2007 ntTSL 215.92■□□□□ 0.144e-7■■■■■ 35.3
SF3A3Q12874 EXOSC10-202ENST00000376936 2808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC10.59□□□□□ -0.714e-7■■■■■ 35.3
SF3A3Q12874 EXOSC10-201ENST00000304457 2721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.39□□□□□ -0.754e-7■■■■■ 35.3
SF3A3Q12874 AC006064.5-201ENST00000541782 248 ntBASIC4.16□□□□□ -1.743e-69■■■■■ 35.3
SF3A3Q12874 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.34e-8■■■■■ 35.3
SF3A3Q12874 DNM2-201ENST00000355667 3541 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.584e-8■■■■■ 35.3
SF3A3Q12874 DNM2-202ENST00000359692 3588 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.484e-8■■■■■ 35.3
SF3A3Q12874 DNM2-203ENST00000389253 3581 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.454e-8■■■■■ 35.3
SF3A3Q12874 DNM2-204ENST00000408974 3013 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.114e-8■■■■■ 35.3
SF3A3Q12874 DNM2-210ENST00000587830 868 ntTSL 59.96□□□□□ -0.824e-8■■■■■ 35.3
SF3A3Q12874 TMEM63B-204ENST00000497371 616 ntTSL 58.66□□□□□ -1.025e-7■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 ZMIZ2-207ENST00000457123 747 ntTSL 526.32■■□□□ 1.85e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.745e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.545e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.395e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.275e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.265e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.245e-6■■■■■ 35.2
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