Protein–RNA interactions for Protein: Q9NPD3

EXOSC4, Exosome complex component RRP41, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC4Q9NPD3 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 PCDHAC2-201ENST00000289269 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 BCL7A-203ENST00000538010 6247 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC19.23■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 KCNQ5-203ENST00000355635 6623 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC19.22■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 RREB1-203ENST00000379933 5826 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 TSHZ3-201ENST00000240587 5176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 FGFR1-203ENST00000341462 6054 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC19.21■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 NECAB1-201ENST00000417640 5289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 TTC34-201ENST00000401095 8814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 GXYLT1-202ENST00000398675 7497 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 ADARB1-201ENST00000348831 6882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 SHANK1-202ENST00000359082 6459 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC19.2■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 INSM1-201ENST00000310227 2829 ntAPPRIS P1 BASIC19.2■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 PKD2-201ENST00000237596 5056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 HR-202ENST00000381418 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 OBSL1-203ENST00000373876 5503 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 USP25-204ENST00000400183 5341 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 MCTP1-218ENST00000515393 5396 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 BAG5-201ENST00000299204 4848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 SPNS2-201ENST00000329078 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 WWC3-201ENST00000380861 6647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 PAX1-205ENST00000613128 5352 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 AHCYL1-203ENST00000393614 4313 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 IMPAD1-201ENST00000262644 7199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.2 ms