Protein–RNA interactions for Protein: P29074

PTPN4, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4, humanhuman

Predictions only

Length 926 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4P29074 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
PTPN4P29074 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
PTPN4P29074 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
PTPN4P29074 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
PTPN4P29074 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
PTPN4P29074 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
PTPN4P29074 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
PTPN4P29074 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
PTPN4P29074 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
PTPN4P29074 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
PTPN4P29074 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
PTPN4P29074 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC21.3■■□□□ 1
PTPN4P29074 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC21.3■■□□□ 1
PTPN4P29074 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
PTPN4P29074 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
PTPN4P29074 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
PTPN4P29074 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
PTPN4P29074 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
PTPN4P29074 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
PTPN4P29074 BCAM-201ENST00000270233 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
PTPN4P29074 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
PTPN4P29074 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
PTPN4P29074 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
PTPN4P29074 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC21.29■■□□□ 1
PTPN4P29074 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
PTPN4P29074 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
PTPN4P29074 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
PTPN4P29074 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
PTPN4P29074 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
PTPN4P29074 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
PTPN4P29074 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
PTPN4P29074 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
PTPN4P29074 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
PTPN4P29074 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
PTPN4P29074 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
PTPN4P29074 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC21.28■■□□□ 1
PTPN4P29074 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
PTPN4P29074 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
PTPN4P29074 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
PTPN4P29074 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
PTPN4P29074 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC21.28■■□□□ 1
PTPN4P29074 PPP1R3F-201ENST00000055335 3421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
PTPN4P29074 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
PTPN4P29074 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
PTPN4P29074 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
PTPN4P29074 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
PTPN4P29074 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
PTPN4P29074 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
PTPN4P29074 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
PTPN4P29074 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
PTPN4P29074 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
PTPN4P29074 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
PTPN4P29074 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
PTPN4P29074 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
PTPN4P29074 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC21.27■■□□□ 1
PTPN4P29074 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
PTPN4P29074 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
PTPN4P29074 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
PTPN4P29074 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
PTPN4P29074 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
PTPN4P29074 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
PTPN4P29074 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
PTPN4P29074 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC21.27■□□□□ 0.99
PTPN4P29074 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
PTPN4P29074 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
PTPN4P29074 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
PTPN4P29074 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
PTPN4P29074 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
PTPN4P29074 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
PTPN4P29074 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
PTPN4P29074 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
PTPN4P29074 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
PTPN4P29074 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
PTPN4P29074 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
PTPN4P29074 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
PTPN4P29074 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
PTPN4P29074 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC21.26■□□□□ 0.99
PTPN4P29074 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
PTPN4P29074 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
PTPN4P29074 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
PTPN4P29074 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
PTPN4P29074 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
PTPN4P29074 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
PTPN4P29074 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
PTPN4P29074 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
PTPN4P29074 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
PTPN4P29074 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
PTPN4P29074 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
PTPN4P29074 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
PTPN4P29074 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
PTPN4P29074 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
PTPN4P29074 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
PTPN4P29074 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
PTPN4P29074 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
PTPN4P29074 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
PTPN4P29074 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC21.25■□□□□ 0.99
PTPN4P29074 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
PTPN4P29074 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
PTPN4P29074 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
PTPN4P29074 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.5 ms