Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC21.67■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC21.67■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC21.65■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC21.65■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC21.64■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC21.64■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.1 ms