Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC19.93■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 GPR157-201ENST00000377411 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 RMND5A-201ENST00000283632 6301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 GALNT13-201ENST00000392825 5536 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC19.92■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC19.91■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.91■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 PIP5K1C-201ENST00000335312 5080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC19.9■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC19.9■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.9■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC19.9■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 CASKIN1-201ENST00000343516 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.78
KLHL28Q9NXS3 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
KLHL28Q9NXS3 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
KLHL28Q9NXS3 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
KLHL28Q9NXS3 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
KLHL28Q9NXS3 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
KLHL28Q9NXS3 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
KLHL28Q9NXS3 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
KLHL28Q9NXS3 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
KLHL28Q9NXS3 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
KLHL28Q9NXS3 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
KLHL28Q9NXS3 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
KLHL28Q9NXS3 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
KLHL28Q9NXS3 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
KLHL28Q9NXS3 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
KLHL28Q9NXS3 SLC4A4-201ENST00000264485 5852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
KLHL28Q9NXS3 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC19.88■□□□□ 0.77
KLHL28Q9NXS3 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
KLHL28Q9NXS3 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
KLHL28Q9NXS3 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
KLHL28Q9NXS3 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
KLHL28Q9NXS3 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
KLHL28Q9NXS3 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
KLHL28Q9NXS3 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
KLHL28Q9NXS3 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC19.88■□□□□ 0.77
KLHL28Q9NXS3 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC19.88■□□□□ 0.77
KLHL28Q9NXS3 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC19.88■□□□□ 0.77
KLHL28Q9NXS3 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
KLHL28Q9NXS3 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC19.88■□□□□ 0.77
KLHL28Q9NXS3 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
KLHL28Q9NXS3 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
KLHL28Q9NXS3 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
KLHL28Q9NXS3 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
KLHL28Q9NXS3 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
KLHL28Q9NXS3 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
KLHL28Q9NXS3 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
KLHL28Q9NXS3 CRB2-202ENST00000373631 5550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
KLHL28Q9NXS3 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.7 ms