Protein–RNA interactions for Protein: Q9C037

TRIM4, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM4, humanhuman

Predictions only

Length 500 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM4Q9C037 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
TRIM4Q9C037 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
TRIM4Q9C037 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
TRIM4Q9C037 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
TRIM4Q9C037 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC21.15■□□□□ 0.98
TRIM4Q9C037 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
TRIM4Q9C037 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
TRIM4Q9C037 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
TRIM4Q9C037 CADPS-201ENST00000283269 4591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
TRIM4Q9C037 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 GTPBP3-222ENST00000600625 2493 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 ADGRG2-210ENST00000379878 4803 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 MAPK9-208ENST00000455781 4336 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 SUDS3-204ENST00000543473 4897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC21.11■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 FUT4-201ENST00000358752 6059 ntAPPRIS P1 BASIC21.11■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 CRB2-202ENST00000373631 5550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TRIM4Q9C037 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66.7 ms